Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Transcriptome, proteome and draft genome of Euglena gracilis

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F19%3A00519415" target="_blank" >RIV/60077344:_____/19:00519415 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216208:11310/19:10393475 RIV/60076658:12310/19:43899133

  • Výsledek na webu

    <a href="https://bmcbiol.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12915-019-0626-8" target="_blank" >https://bmcbiol.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12915-019-0626-8</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1186/s12915-019-0626-8" target="_blank" >10.1186/s12915-019-0626-8</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Transcriptome, proteome and draft genome of Euglena gracilis

  • Popis výsledku v původním jazyce

    BackgroundPhotosynthetic euglenids are major contributors to fresh water ecosystems. Euglena gracilis in particular has noted metabolic flexibility, reflected by an ability to thrive in a range of harsh environments. E. gracilis has been a popular model organism and of considerable biotechnological interest, but the absence of a gene catalogue has hampered both basic research and translational efforts.ResultsWe report a detailed transcriptome and partial genome for E. gracilis Z1. The nuclear genome is estimated to be around 500Mb in size, and the transcriptome encodes over 36,000 proteins and the genome possesses less than 1% coding sequence. Annotation of coding sequences indicates a highly sophisticated endomembrane system, RNA processing mechanisms and nuclear genome contributions from several photosynthetic lineages. Multiple gene families, including likely signal transduction components, have been massively expanded. Alterations in protein abundance are controlled post-transcriptionally between light and dark conditions, surprisingly similar to trypanosomatids.ConclusionsOur data provide evidence that a range of photosynthetic eukaryotes contributed to the Euglena nuclear genome, evidence in support of the shopping bag' hypothesis for plastid acquisition. We also suggest that euglenids possess unique regulatory mechanisms for achieving extreme adaptability, through mechanisms of paralog expansion and gene acquisition.

  • Název v anglickém jazyce

    Transcriptome, proteome and draft genome of Euglena gracilis

  • Popis výsledku anglicky

    BackgroundPhotosynthetic euglenids are major contributors to fresh water ecosystems. Euglena gracilis in particular has noted metabolic flexibility, reflected by an ability to thrive in a range of harsh environments. E. gracilis has been a popular model organism and of considerable biotechnological interest, but the absence of a gene catalogue has hampered both basic research and translational efforts.ResultsWe report a detailed transcriptome and partial genome for E. gracilis Z1. The nuclear genome is estimated to be around 500Mb in size, and the transcriptome encodes over 36,000 proteins and the genome possesses less than 1% coding sequence. Annotation of coding sequences indicates a highly sophisticated endomembrane system, RNA processing mechanisms and nuclear genome contributions from several photosynthetic lineages. Multiple gene families, including likely signal transduction components, have been massively expanded. Alterations in protein abundance are controlled post-transcriptionally between light and dark conditions, surprisingly similar to trypanosomatids.ConclusionsOur data provide evidence that a range of photosynthetic eukaryotes contributed to the Euglena nuclear genome, evidence in support of the shopping bag' hypothesis for plastid acquisition. We also suggest that euglenids possess unique regulatory mechanisms for achieving extreme adaptability, through mechanisms of paralog expansion and gene acquisition.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10618 - Ecology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2019

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    BMC BIOLOGY

  • ISSN

    1741-7007

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    17

  • Číslo periodika v rámci svazku

    FEB 7 2019

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    23

  • Strana od-do

    11

  • Kód UT WoS článku

    000458128000001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85061200138