Repeat-sequence turnover shifts fundamentally in species with large genomes

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F20%3A00533992" target="_blank" >RIV/60077344:_____/20:00533992 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68081707:_____/20:00533992

Výsledek na webu

<a href="https://www.nature.com/articles/s41477-020-00785-x" target="_blank" >https://www.nature.com/articles/s41477-020-00785-x</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1038/s41477-020-00785-x" target="_blank" >10.1038/s41477-020-00785-x</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Repeat-sequence turnover shifts fundamentally in species with large genomes

Popis výsledku v původním jazyce

Given the 2,400-fold range of genome sizes (0.06-148.9 Gbp (gigabase pair)) of seed plants (angiosperms and gymnosperms) with a broadly similar gene content (amounting to approximately 0.03 Gbp), the repeat-sequence content of the genome might be expected to increase with genome size, resulting in the largest genomes consisting almost entirely of repetitive sequences. Here we test this prediction, using the same bioinformatic approach for 101 species to ensure consistency in what constitutes a repeat. We reveal a fundamental change in repeat turnover in genomes above around 10 Gbp, such that species with the largest genomes are only about 55% repetitive. Given that genome size influences many plant traits, habits and life strategies, this fundamental shift in repeat dynamics is likely to affect the evolutionary trajectory of species lineages.

Název v anglickém jazyce

Repeat-sequence turnover shifts fundamentally in species with large genomes

Popis výsledku anglicky

Given the 2,400-fold range of genome sizes (0.06-148.9 Gbp (gigabase pair)) of seed plants (angiosperms and gymnosperms) with a broadly similar gene content (amounting to approximately 0.03 Gbp), the repeat-sequence content of the genome might be expected to increase with genome size, resulting in the largest genomes consisting almost entirely of repetitive sequences. Here we test this prediction, using the same bioinformatic approach for 101 species to ensure consistency in what constitutes a repeat. We reveal a fundamental change in repeat turnover in genomes above around 10 Gbp, such that species with the largest genomes are only about 55% repetitive. Given that genome size influences many plant traits, habits and life strategies, this fundamental shift in repeat dynamics is likely to affect the evolutionary trajectory of species lineages.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Nature Plants

ISSN

2055-026X

e-ISSN

—

Svazek periodika

6

Číslo periodika v rámci svazku

11

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

5

Strana od-do

1325-1329

Kód UT WoS článku

000579697300001

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85092727877