Vzorkování volné genetické informace (eDNA) z vody.

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F21%3A00552714" target="_blank" >RIV/60077344:_____/21:00552714 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Vzorkování volné genetické informace (eDNA) z vody.

Popis výsledku v původním jazyce

Analýza eDNA umožnuje pouhým odběrem vody detekci určitého rybího druhu (barkóding) či celého rybího společenstva (metabarkóding). Využití eDNA je zcela neinvazivní a vysoce citlivé s vysokým potenciálem aplikace nejen pro vědecké účely, ale i standardní monitoring vodních útvarů. V roce 2018 proběhly první experimenty zaměřené na vzorkování a zpracování eDNA ze tří přehradních nádrží a jejich přítoků. Tyto postupy byly v následujících letech (2019–2020) optimalizovány v podmínkách nejen přehradních nádrží, ale i rybnících, přirozeného jezera a toků. Testovány byly odběry během letní a podzimní sezóny, stratifikovaný a pravidelný design odběru z různých prostředí vodních útvarů. Z laboratorního zpracování bylo testováno zpracování jednotlivých vzorků a vzorků vzniklých smísením části jednotlivých vzorků. Vzorky byly filtrovány na otevřených filtrech uložených do alkoholu nebo zamraženy. K extrakci DNA byla využita metoda univerzálního modulárního postupu a při přípravě genetických knihoven pak dvoufázová polymerázová řetězová reakce (PCR). Sekvenace knihoven byla provedena na přístroji Illumina MiSeq a získané sekvence následně bioinformaticky a statisticky zpracovány.

Název v anglickém jazyce

Sampling of free genetic information (eDNA) from water.

Popis výsledku anglicky

eDNA analysis enables the detection of a certain fish species (barcoding) or the entire fish community (metabarcoding) from a water sample. The use of eDNA is completely non-invasive and highly sensitive with high application potential not only for scientific purposes, but also standard monitoring of water bodies. In 2018, the first experiments focused on sampling and processing of eDNA from three reservoirs and their tributaries took place. In the following years (2019–2020), these procedures were optimized in not only reservoirs, but also ponds, natural lakes and streams. Sampling during the summer and autumn seasons, stratified and regular design of sampling from various environments of water bodies were tested. The processing of individual samples and samples resulting from mixing part of individual samples was tested. The method of universal modular procedure was used for DNA extraction and two-phase polymerase chain reaction (PCR) in the preparation of genetic libraries. The sequencing of the libraries was performed on an Illumina MiSeq instrument and the obtained sequences were subsequently bioinformatics and statistically processed.

Druh

Z_tech - Ověřená technologie

CEP obor

—

OECD FORD obor

10618 - Ecology

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

QK1920011-V16

Číselná identifikace

Číslo smlouvy Poskytovatele technologie QK1920011V011 Číslo smlouvy Uživatele technologie PVL-2316/2021/SML

Technické parametry

Subjekt: Povodí Vltavy, státní podnik Holečkova 3178/8 Praha 5 150 00 IČO: 70889953 Datum uzavření smlouvy: V Praze dne 10. listopadu 2021

Ekonomické parametry

Vyčíslení nákladů na zpracování vzorků závisí především na vybavenosti pracoviště. Vzhledem k vysoké citlivosti metody je nezbytné vyčlenit zvláštní místnosti pro jednotlivé kroky zpracování. Jednotlivé laboratoře musí být odděleny, čímž vzniká potřeba vybavení každé z nich. Na druhou stranu jsou používané přístroje běžným vybavením a jejich jednorázová pořizovací cena je v řádu tisíců až desetitisíců korun. Nejnákladnějším zařízením je sekvenátor, který většinou vlastní pouze specializované laboratoře, častěji je sekvenace objednávána formou služby. Rovněž bioinformatické zpracování vyžaduje výkonnou výpočetní techniku, což je ale stále dostupnější položka. Cena za zpracovaný vzorek se pohybuje od stokorun do jednotek tisíců. Vysoká citlivost této technologie odhalila přítomnost i velmi vzácných druhů ve studovaných vodních útvarech. Jejím začlenění do odlovného schématu dojde ke snížení lovného úsilí u tradičních technologií a tím i poklesu celkových nákladů na ichtyologické průzkumy.

Kategorie aplik. výsledku dle nákladů

—

IČO vlastníka výsledku

60077344

Název vlastníka

Biologické centrum AV ČR, v. v. i.

Stát vlastníka

CZ - Česká republika

Druh možnosti využití

P - Využití výsledku jiným subjektem je v některých případech možné bez nabytí licence

Požadavek na licenční poplatek

N - Poskytovatel licence na výsledek nepožaduje licenční poplatek

Adresa www stránky s výsledkem

—