In-depth Temporal Transcriptome Profiling of Monkeypox and Host Cells using Nanopore Sequencing

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60077344%3A_____%2F23%3A00574489" target="_blank" >RIV/60077344:_____/23:00574489 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00216224:14310/23:00130853 RIV/00027162:_____/23:N0000051

Výsledek na webu

<a href="https://www.nature.com/articles/s41597-023-02149-4" target="_blank" >https://www.nature.com/articles/s41597-023-02149-4</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1038/s41597-023-02149-4" target="_blank" >10.1038/s41597-023-02149-4</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

In-depth Temporal Transcriptome Profiling of Monkeypox and Host Cells using Nanopore Sequencing

Popis výsledku v původním jazyce

The recent human Monkeypox outbreak underlined the importance of studying basic biology of orthopoxviruses. However, the transcriptome of its causative agent has not been investigated before neither with short-, nor with long-read sequencing approaches. This Oxford Nanopore long-read RNA-Sequencing dataset fills this gap. It will enable the in-depth characterization of the transcriptomic architecture of the monkeypox virus, and may even make possible to annotate novel host transcripts. Moreover, our direct cDNA and native RNA sequencing reads will allow the estimation of gene expression changes of both the virus and the host cells during the infection. Overall, our study will lead to a deeper understanding of the alterations caused by the viral infection on a transcriptome level.

Název v anglickém jazyce

In-depth Temporal Transcriptome Profiling of Monkeypox and Host Cells using Nanopore Sequencing

Popis výsledku anglicky

The recent human Monkeypox outbreak underlined the importance of studying basic biology of orthopoxviruses. However, the transcriptome of its causative agent has not been investigated before neither with short-, nor with long-read sequencing approaches. This Oxford Nanopore long-read RNA-Sequencing dataset fills this gap. It will enable the in-depth characterization of the transcriptomic architecture of the monkeypox virus, and may even make possible to annotate novel host transcripts. Moreover, our direct cDNA and native RNA sequencing reads will allow the estimation of gene expression changes of both the virus and the host cells during the infection. Overall, our study will lead to a deeper understanding of the alterations caused by the viral infection on a transcriptome level.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10404 - Polymer science

Projekt

—

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2023

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Scientific Data

ISSN

2052-4463

e-ISSN

2052-4463

Svazek periodika

10

Číslo periodika v rámci svazku

1

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

12

Strana od-do

262

Kód UT WoS článku

001001297200001

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85158940291