Detekce a identifikace izolátů viru svinutky bramboru (PLRV) pomocí molekulárních technik RT-PCR a QRT-PCR

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60109807%3A_____%2F09%3A0R000619" target="_blank" >RIV/60109807:_____/09:0R000619 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/60109807:_____/09:#0000130

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

čeština

Název v původním jazyce

Detekce a identifikace izolátů viru svinutky bramboru (PLRV) pomocí molekulárních technik RT-PCR a QRT-PCR

Popis výsledku v původním jazyce

U 55 sbírkových izolátů tohoto viru byly ověřeny možnosti jeho detekce v postupech RT-PCR a QRT-PCR. Pro vlastní zkoušení byly používány jak metody izolace celkové nukleové kyseliny (NA), tak imunovazebné techniky (IC). U RT-PCR byly získány optimální výsledky pomocí primerů dle Solimana, kterými byly detekovány všechny zkoušené izoláty. Pro detekci PLRV metodou Q-RT-PCR byly na základě sekvenční analýzy vlastního izolátu (uvedeno v Gene bank) navrženy tři sady primerů a sondy TaqMan. K vizualizaci amplifikátů virové NA v postupech dvoukrokové Q-RT-PCR bylo používáno jak nespecifické značení pomocí SYBR Green, tak vlastní specifické TaqMan sondy. Uspokojivé výsledky detekce byly dosaženy se všemi sadami primerů, nejlepší výsledky dávala sada primerů L3(SYBR Green) a L2 (TaqMan sonda). Detekce PLRV pomocí QRT-PCR byla možná a spolehlivá při obou postupech značení DNA. Dosažené výsledky byly z hlediska citlivosti a spolehlivosti porovnány s metodou ELISA.

Název v anglickém jazyce

The use of molecular techniques RT-PCR and QRT-PCR for the detection and identification of Potato Leafroll Virus (PLRV) isolates

Popis výsledku anglicky

Fifty-five isolates of PLRV from in-vitro collection (PRI Havlíčkův Brod) were tested by means of RT-PCR and QRT-PCR. The various techniques of RNA isolations were used and compared. The best results (RT-PCR) were achieved with the set of primers according to Soliman et al., 2002. Three sets of oligonucleotide primers and TaqMan probes were designed for the detection of PLRV by means of QRT-PCR. The best results (QRT-PCR) were achieved with the L3 set of primers. The two step QRT-PCR was used, the DNA was labeled by SYBR Green or TaqMan probes. All PLRV isolates tested were detected with the molecular techniques, the results of QRT-PCR and RT-PCR were compared with ELISA.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

GF - Choroby, škůdci, plevely a ochrana rostlin

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/QH71123" target="_blank" >QH71123: Variabilita viru svinutky bramboru (PLRV), zvýšení spolehlivosti jeho detekce a uplatnění transgenóze v rezistentním šlechtění.</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2009

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Vědecké práce - Výzkumný ústav bramborářský havlíčkův Brod

ISSN

1802-940X

e-ISSN

—

Svazek periodika

17

Číslo periodika v rámci svazku

1

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

11

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—