The evaluation of genomic diversity and selection signals in the autochthonous Slovak Spotted cattle
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60460709%3A41210%2F21%3A87134" target="_blank" >RIV/60460709:41210/21:87134 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="https://www.agriculturejournals.cz/web/cjas.htm?type=article&id=265_2020-CJAS" target="_blank" >https://www.agriculturejournals.cz/web/cjas.htm?type=article&id=265_2020-CJAS</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.17221/265/2020-CJAS" target="_blank" >10.17221/265/2020-CJAS</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
The evaluation of genomic diversity and selection signals in the autochthonous Slovak Spotted cattle
Popis výsledku v původním jazyce
The aim of this study was to evaluate the effective population size based on linkage disequilibrium and the trend of inbreeding derived from runs of homozygosity (ROH) in the Slovak Spotted cattle. The ROH segments longer than 4 Mb were then analysed to identify selection signals. Eighty five individuals were genotyped using the ICBF International Dairy and Beef chip (dams of sires) and Illumina BovineSNP50 BeadChip (sires). The ROH segments 1 Mb occurred most often in the autosomal genome with the average number of 16,75. The ROH segments 16 Mb covering 0,41% of the genome pointed to the long-term effort of breeders to reduce inbreeding in the population of Slovak Spotted cattle. However, the average observed heterozygosity indicated a decrease in overall diversity in the current population. The decrease of heterozygosity per generation also confirmed the estimates of historical and recent effective population size (a decrease of 6,88 animals per generation). The predicted current effective populati
Název v anglickém jazyce
The evaluation of genomic diversity and selection signals in the autochthonous Slovak Spotted cattle
Popis výsledku anglicky
The aim of this study was to evaluate the effective population size based on linkage disequilibrium and the trend of inbreeding derived from runs of homozygosity (ROH) in the Slovak Spotted cattle. The ROH segments longer than 4 Mb were then analysed to identify selection signals. Eighty five individuals were genotyped using the ICBF International Dairy and Beef chip (dams of sires) and Illumina BovineSNP50 BeadChip (sires). The ROH segments 1 Mb occurred most often in the autosomal genome with the average number of 16,75. The ROH segments 16 Mb covering 0,41% of the genome pointed to the long-term effort of breeders to reduce inbreeding in the population of Slovak Spotted cattle. However, the average observed heterozygosity indicated a decrease in overall diversity in the current population. The decrease of heterozygosity per generation also confirmed the estimates of historical and recent effective population size (a decrease of 6,88 animals per generation). The predicted current effective populati
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
40201 - Animal and dairy science; (Animal biotechnology to be 4.4)
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/LTAUSA19117" target="_blank" >LTAUSA19117: Ověřování genomických postupů v malých populacích</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2021
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Czech Journal of Animal Science
ISSN
1212-1819
e-ISSN
1805-9309
Svazek periodika
66
Číslo periodika v rámci svazku
7
Stát vydavatele periodika
CZ - Česká republika
Počet stran výsledku
11
Strana od-do
251-261
Kód UT WoS článku
000671155200002
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85109070296