Identification of the optimal codons for acetolactate synthase from weeds: an in-silico study

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60460709%3A41210%2F21%3A88332" target="_blank" >RIV/60460709:41210/21:88332 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.agriculturejournals.cz/web/pse.htm?type=article&id=562_2020-PSE" target="_blank" >https://www.agriculturejournals.cz/web/pse.htm?type=article&id=562_2020-PSE</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.17221/562/2020-PSE" target="_blank" >10.17221/562/2020-PSE</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Identification of the optimal codons for acetolactate synthase from weeds: an in-silico study

Popis výsledku v původním jazyce

Although various studies of codon usage bias have been reported in a broad spectrum of organisms, no studies to date have examined codon usage bias for herbicide target genes. In this study, we analysed codon usage patterns for the acetolactate synthase (ALS) gene in eight monocot weeds and one model monocot. Additionally, the optimal codons, along with over- and under-represented codons, were identified. Gene design using optimal codons rather than overall abundant codons produce improved protein expression results. Our results can be used for further studies, including eliciting the mechanisms of herbicide resistance (occurring due to elevation of gene expression levels) and the development of new compounds, their efficiency and risk assessment for herbicide resistance evolution.

Název v anglickém jazyce

Identification of the optimal codons for acetolactate synthase from weeds: an in-silico study

Popis výsledku anglicky

Although various studies of codon usage bias have been reported in a broad spectrum of organisms, no studies to date have examined codon usage bias for herbicide target genes. In this study, we analysed codon usage patterns for the acetolactate synthase (ALS) gene in eight monocot weeds and one model monocot. Additionally, the optimal codons, along with over- and under-represented codons, were identified. Gene design using optimal codons rather than overall abundant codons produce improved protein expression results. Our results can be used for further studies, including eliciting the mechanisms of herbicide resistance (occurring due to elevation of gene expression levels) and the development of new compounds, their efficiency and risk assessment for herbicide resistance evolution.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)

Projekt

<a href="/cs/project/QK1820081" target="_blank" >QK1820081: Metody monitorovaní rezistence hospodářsky významných škůdců a plevelů k přípravkům na ochranu rostlin a antirezistentní strategie</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Plant, Soil and Environment

ISSN

1214-1178

e-ISSN

1805-9368

Svazek periodika

67

Číslo periodika v rámci svazku

6

Stát vydavatele periodika

CZ - Česká republika

Počet stran výsledku

6

Strana od-do

331-336

Kód UT WoS článku

000653182000003

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85107395783