Environmental DNA metabarcoding for benthic monitoring: A review of sediment sampling and DNA extraction methods

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60460709%3A41210%2F22%3A88531" target="_blank" >RIV/60460709:41210/22:88531 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.151783" target="_blank" >https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.151783</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.151783" target="_blank" >10.1016/j.scitotenv.2021.151783</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Environmental DNA metabarcoding for benthic monitoring: A review of sediment sampling and DNA extraction methods

Popis výsledku v původním jazyce

Environmental DNA (eDNA) metabarcoding (parallel sequencing of DNA/RNA for identification of whole communities within a targeted group) is revolutionizing the field of aquatic biomonitoring. To date, most metabarcoding studies aiming to assess the ecological status of aquatic ecosystems have focused on water eDNA and macroinvertebrate bulk samples. However, the eDNA metabarcoding has also been applied to soft sediment samples, mainly for assessing microbial or meiofaunal biota. Compared to classical methodologies based on manual sorting and morphological identification of benthic taxa, eDNA metabarcoding offers potentially important advantages for assessing the environmental quality of sediments. The methods and protocols utilized for sediment eDNA metabarcoding can vary considerably among studies, and standardization efforts are needed to improve their robustness, comparability and use within regulatory frameworks. Here, we review the available information on eDNA metabarcoding applied to

Název v anglickém jazyce

Environmental DNA metabarcoding for benthic monitoring: A review of sediment sampling and DNA extraction methods

Popis výsledku anglicky

Environmental DNA (eDNA) metabarcoding (parallel sequencing of DNA/RNA for identification of whole communities within a targeted group) is revolutionizing the field of aquatic biomonitoring. To date, most metabarcoding studies aiming to assess the ecological status of aquatic ecosystems have focused on water eDNA and macroinvertebrate bulk samples. However, the eDNA metabarcoding has also been applied to soft sediment samples, mainly for assessing microbial or meiofaunal biota. Compared to classical methodologies based on manual sorting and morphological identification of benthic taxa, eDNA metabarcoding offers potentially important advantages for assessing the environmental quality of sediments. The methods and protocols utilized for sediment eDNA metabarcoding can vary considerably among studies, and standardization efforts are needed to improve their robustness, comparability and use within regulatory frameworks. Here, we review the available information on eDNA metabarcoding applied to

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10511 - Environmental sciences (social aspects to be 5.7)

Projekt

<a href="/cs/project/EF16_019%2F0000845" target="_blank" >EF16_019/0000845: Centrum pro studium vzniku a transformací nutričně významných látek v potravním řetězci v interakci s potenciálně rizikovými látkami antropogenního původu: komplexní posouzení rizika kontaminace půdy pro kvalitu zemědělské produkce</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2022

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Science of the Total Environment

ISSN

0048-9697

e-ISSN

0048-9697

Svazek periodika

818

Číslo periodika v rámci svazku

April

Stát vydavatele periodika

NL - Nizozemsko

Počet stran výsledku

17

Strana od-do

1-17

Kód UT WoS článku

000820292400004

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85120728483