Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Chromosome-Scale Genome Assembly of the Hexaploid Taiwanese Goosefoot “Djulis” (Chenopodium formosanum).

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60460709%3A41330%2F22%3A91661" target="_blank" >RIV/60460709:41330/22:91661 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://academic.oup.com/gbe/article/14/8/evac120/6650271?login=true" target="_blank" >https://academic.oup.com/gbe/article/14/8/evac120/6650271?login=true</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1093/gbe/evac120" target="_blank" >10.1093/gbe/evac120</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Chromosome-Scale Genome Assembly of the Hexaploid Taiwanese Goosefoot “Djulis” (Chenopodium formosanum).

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Djulis (Chenopodium formosanum Koidz.) is a crop grown since antiquity in Taiwan. It is a BCD-genome hexaploid (2n = 6x = 54) domesticated form of lambsquarters (C. album L.) and a relative of the allotetraploid (AABB) C. quinoa. As with quinoa, djulis seed contains a complete protein profile and many nutritionally important vitamins and minerals. While still sold locally in Taiwanese markets, its traditional culinary uses are being lost as diets of younger generations change. Moreover, indigenous Taiwanese peoples who have long safeguarded djulis are losing their traditional farmlands. We used PacBio sequencing and Hi-C-based scaffolding to produce a chromosome-scale, reference-quality assembly of djulis. The final genome assembly spans 1,63 Gb in 798 scaffolds, with 97,8% of the sequence contained in 27 scaffolds representing the nine haploid chromosomes of each sub-genome of the species. Benchmarking of universal, single-copy orthologs indicated that 98,5% of the conserved orthologous genes for Vi

  • Název v anglickém jazyce

    Chromosome-Scale Genome Assembly of the Hexaploid Taiwanese Goosefoot “Djulis” (Chenopodium formosanum).

  • Popis výsledku anglicky

    Djulis (Chenopodium formosanum Koidz.) is a crop grown since antiquity in Taiwan. It is a BCD-genome hexaploid (2n = 6x = 54) domesticated form of lambsquarters (C. album L.) and a relative of the allotetraploid (AABB) C. quinoa. As with quinoa, djulis seed contains a complete protein profile and many nutritionally important vitamins and minerals. While still sold locally in Taiwanese markets, its traditional culinary uses are being lost as diets of younger generations change. Moreover, indigenous Taiwanese peoples who have long safeguarded djulis are losing their traditional farmlands. We used PacBio sequencing and Hi-C-based scaffolding to produce a chromosome-scale, reference-quality assembly of djulis. The final genome assembly spans 1,63 Gb in 798 scaffolds, with 97,8% of the sequence contained in 27 scaffolds representing the nine haploid chromosomes of each sub-genome of the species. Benchmarking of universal, single-copy orthologs indicated that 98,5% of the conserved orthologous genes for Vi

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10611 - Plant sciences, botany

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2022

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Genome Biology and Evolution

  • ISSN

    1759-6653

  • e-ISSN

    1759-6653

  • Svazek periodika

    14

  • Číslo periodika v rámci svazku

    8

  • Stát vydavatele periodika

    CZ - Česká republika

  • Počet stran výsledku

    7

  • Strana od-do

    1-7

  • Kód UT WoS článku

    000836845900001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85135598546