MODELOVÁNÍ KONFORMAČÍCH ZMĚN POMOCÍ METADYNAMIKY V ESENCIÁLNÍCH SOUŘADNICÍCH
Popis výsledku
Konformační změny byly modelovány pomocí metadynamiky v esenciálních souřadnicích
Klíčová slova
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
MODELLING CONFORMATIONAL CHANGES USING METADYNAMICS IN ESSENTIAL COORDINATES
Popis výsledku v původním jazyce
Accurate modelling of conformational changes in biomacromolecules is fundamental for understanding the role of protein motions in catalysis, allosteric effect, induced fit, molecular motors, folding, unfolding, misfolding and many other processes. However, conformational motions are often not accessible by means of standard molecular dynamics simulation because of time-consuming nature of this method. Moreover, standard molecular dynamics simulation does not provide any quantitative information about free energy changes. The recently introduced method of metadynamics [1] makes possible to explore a free energy surface of a molecular system in the space of collective variables. These collective variables are parameters that determine the progress alongthe modelled conformational (or other chemical) change. Parameters such as distances between two atoms or dihedral angles are often used as collective variables. The choice of these collective variables is usually intuitive and a matter o
Název v anglickém jazyce
MODELLING CONFORMATIONAL CHANGES USING METADYNAMICS IN ESSENTIAL COORDINATES
Popis výsledku anglicky
Accurate modelling of conformational changes in biomacromolecules is fundamental for understanding the role of protein motions in catalysis, allosteric effect, induced fit, molecular motors, folding, unfolding, misfolding and many other processes. However, conformational motions are often not accessible by means of standard molecular dynamics simulation because of time-consuming nature of this method. Moreover, standard molecular dynamics simulation does not provide any quantitative information about free energy changes. The recently introduced method of metadynamics [1] makes possible to explore a free energy surface of a molecular system in the space of collective variables. These collective variables are parameters that determine the progress alongthe modelled conformational (or other chemical) change. Parameters such as distances between two atoms or dihedral angles are often used as collective variables. The choice of these collective variables is usually intuitive and a matter o
Klasifikace
Druh
D - Stať ve sborníku
CEP obor
CE - Biochemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2007
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název statě ve sborníku
Materials Structure
ISBN
—
ISSN
1211-5894
e-ISSN
—
Počet stran výsledku
1
Strana od-do
47
Název nakladatele
CSCA - Czech and Slovak Crystallographic Association
Místo vydání
Praha
Místo konání akce
—
Datum konání akce
—
Typ akce podle státní příslušnosti
—
Kód UT WoS článku
—
Druh výsledku
D - Stať ve sborníku
CEP
CE - Biochemie
Rok uplatnění
2007