MODELOVÁNÍ KONFORMAČÍCH ZMĚN POMOCÍ METADYNAMIKY V ESENCIÁLNÍCH SOUŘADNICÍCH

Kód výsledku v IS VaVaI

RIV/60461373:22330/07:00019135 - isvavai.cz

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

MODELLING CONFORMATIONAL CHANGES USING METADYNAMICS IN ESSENTIAL COORDINATES

Popis výsledku v původním jazyce

Accurate modelling of conformational changes in biomacromolecules is fundamental for understanding the role of protein motions in catalysis, allosteric effect, induced fit, molecular motors, folding, unfolding, misfolding and many other processes. However, conformational motions are often not accessible by means of standard molecular dynamics simulation because of time-consuming nature of this method. Moreover, standard molecular dynamics simulation does not provide any quantitative information about free energy changes. The recently introduced method of metadynamics [1] makes possible to explore a free energy surface of a molecular system in the space of collective variables. These collective variables are parameters that determine the progress alongthe modelled conformational (or other chemical) change. Parameters such as distances between two atoms or dihedral angles are often used as collective variables. The choice of these collective variables is usually intuitive and a matter o

Název v anglickém jazyce

MODELLING CONFORMATIONAL CHANGES USING METADYNAMICS IN ESSENTIAL COORDINATES

Popis výsledku anglicky

Accurate modelling of conformational changes in biomacromolecules is fundamental for understanding the role of protein motions in catalysis, allosteric effect, induced fit, molecular motors, folding, unfolding, misfolding and many other processes. However, conformational motions are often not accessible by means of standard molecular dynamics simulation because of time-consuming nature of this method. Moreover, standard molecular dynamics simulation does not provide any quantitative information about free energy changes. The recently introduced method of metadynamics [1] makes possible to explore a free energy surface of a molecular system in the space of collective variables. These collective variables are parameters that determine the progress alongthe modelled conformational (or other chemical) change. Parameters such as distances between two atoms or dihedral angles are often used as collective variables. The choice of these collective variables is usually intuitive and a matter o

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

CE - Biochemie

OECD FORD obor

—

Projekt

KJB500500512: Strukturní studie beta-galaktosidasy ze psychrotrofních mikroorganismů; analýza biologicky a technologicky signifikantních komplexů

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2007

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Materials Structure

ISBN

—

ISSN

1211-5894

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

1

Strana od-do

47

Název nakladatele

CSCA - Czech and Slovak Crystallographic Association

Místo vydání

Praha

Místo konání akce

—

Datum konání akce

—

Typ akce podle státní příslušnosti

—

Kód UT WoS článku

—