Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Metadynamics modelling of the solvent effect on primary hydroxyl rotamer equilibria in hexopyranosides.

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22330%2F09%3A00022336" target="_blank" >RIV/60461373:22330/09:00022336 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

  • DOI - Digital Object Identifier

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Metadynamics modelling of the solvent effect on primary hydroxyl rotamer equilibria in hexopyranosides.

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Accurate modelling of rotamer equilibria for the primary hydroxyl groups of monosaccharides continues to be a great challenge of computational glycochemistry. The metadynamics technique was applied to study the conformational free energy surfaces of methyl alpha-D-glucopyranoside and methyl alpha-D-galactopyranoside, employing the GLYCAM06 force field. For both molecules, seven to eight conformational free energy minima, differing in the omega (O5-C5-C6-O6) and chi (C3-C4-O4-HO4) dihedral angles, were identified in vacuum or in a water environment. The calculated rotamer equilibrium of the primary hydroxyl group is significantly different in vacuum than in water. The major effect of a water environment is the destabilisation of a hydrogen bond betweenO4-HO4 and O6-HO6 groups. It was possible to calculate the free-energy differences of individual rotamers with an accuracy of better than 2 kJ/mol. The calculated gg, gt and tg rotamer populations in water are in close agreement with expe

  • Název v anglickém jazyce

    Metadynamics modelling of the solvent effect on primary hydroxyl rotamer equilibria in hexopyranosides.

  • Popis výsledku anglicky

    Accurate modelling of rotamer equilibria for the primary hydroxyl groups of monosaccharides continues to be a great challenge of computational glycochemistry. The metadynamics technique was applied to study the conformational free energy surfaces of methyl alpha-D-glucopyranoside and methyl alpha-D-galactopyranoside, employing the GLYCAM06 force field. For both molecules, seven to eight conformational free energy minima, differing in the omega (O5-C5-C6-O6) and chi (C3-C4-O4-HO4) dihedral angles, were identified in vacuum or in a water environment. The calculated rotamer equilibrium of the primary hydroxyl group is significantly different in vacuum than in water. The major effect of a water environment is the destabilisation of a hydrogen bond betweenO4-HO4 and O6-HO6 groups. It was possible to calculate the free-energy differences of individual rotamers with an accuracy of better than 2 kJ/mol. The calculated gg, gt and tg rotamer populations in water are in close agreement with expe

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    CE - Biochemie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2009

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Carbohydrate Research

  • ISSN

    0008-6215

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

  • Číslo periodika v rámci svazku

    344

  • Stát vydavatele periodika

    BE - Belgické království

  • Počet stran výsledku

    7

  • Strana od-do

  • Kód UT WoS článku

    000269734500025

  • EID výsledku v databázi Scopus