Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Insights into stability and folding of GNRA and UNCG tetraloops revealed by microseconds molecular dynamics and well tempered metadynamics

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22330%2F15%3A43899758" target="_blank" >RIV/60461373:22330/15:43899758 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.5b00010" target="_blank" >http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.5b00010</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.5b00010" target="_blank" >10.1021/acs.jctc.5b00010</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Insights into stability and folding of GNRA and UNCG tetraloops revealed by microseconds molecular dynamics and well tempered metadynamics

  • Popis výsledku v původním jazyce

    RNA hairpins capped by 5'-GNRA-3' or 5'-UNCG-3' tetraloops (TLs) are prominent RNA structural motifs. Despite their small size, a wealth of experimental data, and recent progress in theoretical simulations of their structural dynamics and folding, our understanding of the folding and unfolding processes of these small RNA elements is still limited. Theoretical description of the folding and unfolding processes requires robust sampling, which can be achieved by either an exhaustive time scale in standardmolecular dynamics simulations or sophisticated enhanced sampling methods, using temperature acceleration or biasing potentials. Here, we study structural dynamics of 5'-GNRA-3' and 5'-UNCG-3' TLs by 15,us-long standard simulations and a series of well-tempered metadynamics, attempting to accelerate sampling by bias in a few chosen collective variables (CVs). Both methods provide useful insights. The unfolding and refolding mechanisms of the GNRA TL observed by well-tempered metadynamic

  • Název v anglickém jazyce

    Insights into stability and folding of GNRA and UNCG tetraloops revealed by microseconds molecular dynamics and well tempered metadynamics

  • Popis výsledku anglicky

    RNA hairpins capped by 5'-GNRA-3' or 5'-UNCG-3' tetraloops (TLs) are prominent RNA structural motifs. Despite their small size, a wealth of experimental data, and recent progress in theoretical simulations of their structural dynamics and folding, our understanding of the folding and unfolding processes of these small RNA elements is still limited. Theoretical description of the folding and unfolding processes requires robust sampling, which can be achieved by either an exhaustive time scale in standardmolecular dynamics simulations or sophisticated enhanced sampling methods, using temperature acceleration or biasing potentials. Here, we study structural dynamics of 5'-GNRA-3' and 5'-UNCG-3' TLs by 15,us-long standard simulations and a series of well-tempered metadynamics, attempting to accelerate sampling by bias in a few chosen collective variables (CVs). Both methods provide useful insights. The unfolding and refolding mechanisms of the GNRA TL observed by well-tempered metadynamic

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    CE - Biochemie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2015

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION

  • ISSN

    1549-9618

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    11

  • Číslo periodika v rámci svazku

    8

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    12

  • Strana od-do

    3866-3877

  • Kód UT WoS článku

    000359500000034

  • EID výsledku v databázi Scopus