Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Membrane proteins and proteomics of Cronobacter sakazakii cells: Reliable method for identification and subcellular localization

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22330%2F22%3A43925298" target="_blank" >RIV/60461373:22330/22:43925298 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://journals.asm.org/doi/10.1128/aem.02508-21" target="_blank" >https://journals.asm.org/doi/10.1128/aem.02508-21</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1128/aem.02508-21" target="_blank" >10.1128/aem.02508-21</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Membrane proteins and proteomics of Cronobacter sakazakii cells: Reliable method for identification and subcellular localization

  • Popis výsledku v původním jazyce

    This study is the first to fractionate Cronobacter sakazakii cells into outer membrane, inner membrane, periplasmic, and cytosolic fractions as the basis for improved proteome mapping. A novel method was designed to prepare the fractionated samples for protein identification. The identification was performed via one-dimensional electrophoresis-liquid chromatography electrospray ionization tandem mass spectrometry. To determine the subcellular localization of the identified proteins, we developed a novel Python-based script (Subcelloc) that combines three web-based tools, PSORTb 3.0.2, CELLO 2.5, and UniProtKB. Applying this approach enabled us to identify 1,243 C. sakazakii proteins, which constitutes 28 % of all predicted proteins and 49 % of all theoretically expressed outer membrane proteins. These results represent a significant improvement on previous attempts to map the C. sakazakii proteome and could provide a major step forward in the identification of Cronobacter virulence factors.

  • Název v anglickém jazyce

    Membrane proteins and proteomics of Cronobacter sakazakii cells: Reliable method for identification and subcellular localization

  • Popis výsledku anglicky

    This study is the first to fractionate Cronobacter sakazakii cells into outer membrane, inner membrane, periplasmic, and cytosolic fractions as the basis for improved proteome mapping. A novel method was designed to prepare the fractionated samples for protein identification. The identification was performed via one-dimensional electrophoresis-liquid chromatography electrospray ionization tandem mass spectrometry. To determine the subcellular localization of the identified proteins, we developed a novel Python-based script (Subcelloc) that combines three web-based tools, PSORTb 3.0.2, CELLO 2.5, and UniProtKB. Applying this approach enabled us to identify 1,243 C. sakazakii proteins, which constitutes 28 % of all predicted proteins and 49 % of all theoretically expressed outer membrane proteins. These results represent a significant improvement on previous attempts to map the C. sakazakii proteome and could provide a major step forward in the identification of Cronobacter virulence factors.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10609 - Biochemical research methods

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2022

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Applied and Environmental Microbiology

  • ISSN

    0099-2240

  • e-ISSN

    1098-5336

  • Svazek periodika

    88

  • Číslo periodika v rámci svazku

    9

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    17

  • Strana od-do

    1-17

  • Kód UT WoS článku

    000784536500002

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85129971235