Jak na elektrostatické interakce v molekulárních simulacích: systematická studie
Popis výsledku
V extenzivních Monte Carlo a molekulárně-dynamických simulacích uvažujeme dva kvalitativně odlišné modely se silnými dlouhodosahovými elektrostatickými interakcemi, Lennard-Jonesovu dvojatomovou molekulu s dipólovým momentem a TIP4P/2005 vodu, abychom systematicky prostudovali různé implementace dlouhodosahových elektrostatických sil. Kromě standardní Ewaldovy sumace a metody reakčního pole studujeme dvě varianty krátkodosahových interakcí. Uvažujeme jak termodynamické tak i strukturní vlastnosti a homogenní i nehomogenní fáze. Ukazujeme, že přesnost krátkodoshových aproximací může být při pečlivém nastavení parametrů dostatečná pro řadu aplikací; jindy však narážíme na limity přesnosti nebo na strukturní i jiné artefakty.
Klíčová slova
Molecular simulationEwald summationReaction fieldLong-range interactionsElectrostatic forces
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
Nalezeny alternativní kódy
RIV/44555601:13440/08:00004175 RIV/67985858:_____/08:00312765
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Handling electrostatic interactions in molecular simulations: A systematic study
Popis výsledku v původním jazyce
Two qualitatively different models with strong long-range electrostatic interactions, LennardJones diatomics with an embedded dipole moment and TIP4P/2005 water, are considered in extensive Monte Carlo and molecular dynamics simulations to systematically study the differences in results caused by different treatments of the long-range electrostatic interactions. In addition to the standard Ewald summation and reaction field methods, we consider also two variants of short-range approximations. Both thermodynamic and structural properties, and both homogeneous and inhomogeneous phases are considered. It is shown that the accuracy of the short-range approximations with carefully selected parameters may be sufficient for a number of applications; however,in some cases one can encounter accuracy limits or structural or other artifacts.
Název v anglickém jazyce
Handling electrostatic interactions in molecular simulations: A systematic study
Popis výsledku anglicky
Two qualitatively different models with strong long-range electrostatic interactions, LennardJones diatomics with an embedded dipole moment and TIP4P/2005 water, are considered in extensive Monte Carlo and molecular dynamics simulations to systematically study the differences in results caused by different treatments of the long-range electrostatic interactions. In addition to the standard Ewald summation and reaction field methods, we consider also two variants of short-range approximations. Both thermodynamic and structural properties, and both homogeneous and inhomogeneous phases are considered. It is shown that the accuracy of the short-range approximations with carefully selected parameters may be sufficient for a number of applications; however,in some cases one can encounter accuracy limits or structural or other artifacts.
Klasifikace
Druh
Jx - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2008
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Collection of Czechoslovak Chemical Communications
ISSN
0010-0765
e-ISSN
—
Svazek periodika
73
Číslo periodika v rámci svazku
4
Stát vydavatele periodika
CZ - Česká republika
Počet stran výsledku
26
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000256753400003
EID výsledku v databázi Scopus
—
Základní informace
Druh výsledku
Jx - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Rok uplatnění
2008