Time-Reversible Velocity Predictors for Verlet Integration with Velocity-Dependent Right-Hand Side

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F60461373%3A22340%2F11%3A43882860" target="_blank" >RIV/60461373:22340/11:43882860 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/67985858:_____/11:00366968 RIV/44555601:13440/11:43878487

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct200108g" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/ct200108g</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct200108g" target="_blank" >10.1021/ct200108g</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Time-Reversible Velocity Predictors for Verlet Integration with Velocity-Dependent Right-Hand Side

Popis výsledku v původním jazyce

Time-reversible velocity predictors (TRVPs) with increasing orders of the time-reversibility error are developed to be used with the Verlet integrator for equations of motion with the right-hand side depending on velocities. The method performs outside apossible SHAKE algorithm to constrain bond lengths and does not require repeated SHAKE iterations nor RATTLE. We have tested the TRVPs with the Nose-Hoover thermostat on four model systems (coupled harmonic and anharmonic oscillators, liquid argon, SPC/E water, and a small peptide), comparing them to the Gear integrator with the Lagrangian formulation of constraint dynamics, the Martyna, Tuckerman, Tobias, and Klein (MTTK) method, and the velocity iteration method. The TRVP method performs similarly tothe iteration method. In addition, we discuss three methodology improvements: (i) We tested several formulas for the kinetic energy compatible with the Verlet/SHAKE algorithm and found that the leapfrog velocities are usually the best; (

Název v anglickém jazyce

Time-Reversible Velocity Predictors for Verlet Integration with Velocity-Dependent Right-Hand Side

Popis výsledku anglicky

Time-reversible velocity predictors (TRVPs) with increasing orders of the time-reversibility error are developed to be used with the Verlet integrator for equations of motion with the right-hand side depending on velocities. The method performs outside apossible SHAKE algorithm to constrain bond lengths and does not require repeated SHAKE iterations nor RATTLE. We have tested the TRVPs with the Nose-Hoover thermostat on four model systems (coupled harmonic and anharmonic oscillators, liquid argon, SPC/E water, and a small peptide), comparing them to the Gear integrator with the Lagrangian formulation of constraint dynamics, the Martyna, Tuckerman, Tobias, and Klein (MTTK) method, and the velocity iteration method. The TRVP method performs similarly tothe iteration method. In addition, we discuss three methodology improvements: (i) We tested several formulas for the kinetic energy compatible with the Verlet/SHAKE algorithm and found that the leapfrog velocities are usually the best; (

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2011

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION

ISSN

1549-9618

e-ISSN

—

Svazek periodika

7

Číslo periodika v rámci svazku

11

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

12

Strana od-do

3596-3607

Kód UT WoS článku

000296597300016

EID výsledku v databázi Scopus

—