Skutečné stabilizační energie optimálních planárních vodíkem vázaných patrových struktur guanin cytosinu, adenin thyminu a jejich 9- a 1- metyl derivátů: Výpočty kompletní sady bází na úrovni MP2 a CCSD (T) a srovnání s experimentem

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388955%3A_____%2F03%3A00100821" target="_blank" >RIV/61388955:_____/03:00100821 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

True Stabilization Energies for the Optimal Planar Hydrogen-Bonded and Stacked Structures of GuanineĎCytosine, AdenineĎThymine and Their 9- and 1-Methyl Derivatives: Complete Basis Set Calculations at the MP2 and CCSD(T) Levels and Comparison with Exp...

Popis výsledku v původním jazyce

Planar H-bonded and stacked structures of guanineĎcytosine (GĎC), adenineĎthymine (AĎT), 9-methylguanineĎ1-methylcytosine (mGĎmC) and 9-methyladenineĎ1-methylthymine (mAĎmT) were optimized at the RI-MP2 level using the TZVPP ([5s3p2d1f/3s2p1d]) basis set. Planar H-bonded structures of GĎC, mGĎmC and AĎT correspond to the Watson-Crick (WC) arrangement, in contrast to mAĎmT for which the Hoogsteen (H) structure is found. Stabilization energies for all structures were determined as the sum of the completebasis set limit of MP2 energies and a (.DELTA.ECCSD(T) - .DELTA.EMP2) correction term evaluated with the cc-pVDZ(0.25, 0.15) basis set. The complete basis set limit of MP2 energies was determined by two-point extrapolation using the aug-cc-pVXZ basis sets for X=D and T, and T and Q. This procedure is required since the convergency of the MP2 interaction energy for the present complexes is rather slow and it is thus important to include the extrapolation to the complete basis set limit.

Název v anglickém jazyce

True Stabilization Energies for the Optimal Planar Hydrogen-Bonded and Stacked Structures of GuanineĎCytosine, AdenineĎThymine and Their 9- and 1-Methyl Derivatives: Complete Basis Set Calculations at the MP2 and CCSD(T) Levels and Comparison with Exp...

Popis výsledku anglicky

Planar H-bonded and stacked structures of guanineĎcytosine (GĎC), adenineĎthymine (AĎT), 9-methylguanineĎ1-methylcytosine (mGĎmC) and 9-methyladenineĎ1-methylthymine (mAĎmT) were optimized at the RI-MP2 level using the TZVPP ([5s3p2d1f/3s2p1d]) basis set. Planar H-bonded structures of GĎC, mGĎmC and AĎT correspond to the Watson-Crick (WC) arrangement, in contrast to mAĎmT for which the Hoogsteen (H) structure is found. Stabilization energies for all structures were determined as the sum of the completebasis set limit of MP2 energies and a (.DELTA.ECCSD(T) - .DELTA.EMP2) correction term evaluated with the cc-pVDZ(0.25, 0.15) basis set. The complete basis set limit of MP2 energies was determined by two-point extrapolation using the aug-cc-pVXZ basis sets for X=D and T, and T and Q. This procedure is required since the convergency of the MP2 interaction energy for the present complexes is rather slow and it is thus important to include the extrapolation to the complete basis set limit.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/LN00A032" target="_blank" >LN00A032: Struktura a dynamika komplexních molekulových systémů a biomolekul</a><br>

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2003

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of the American Chemical Society

ISSN

0002-7863

e-ISSN

—

Svazek periodika

125

Číslo periodika v rámci svazku

50

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

6

Strana od-do

15608-15613

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—