Skutečné stabilizační energie optimálních planárních vodíkem vázaných patrových struktur guanin cytosinu, adenin thyminu a jejich 9- a 1- metyl derivátů: Výpočty kompletní sady bází na úrovni MP2 a CCSD (T) a srovnání s experimentem
Popis výsledku
Planární a vodíkem vázané a patrové struktury guanin cytosinu (G C), adenin thyminu (A T), 9-metylguanin 1- metylcitosinu (mG mC) a 9- metyladenin 1- metylthyminu (mA mT) byly optimalizovány na RI ? MP2 úrovni za požití sady bází TZVPP ([5s3p2d1f/3s2p1d]). Planární vodíkem vázané struktury G C, mG mC a A T odpovídají Watsonovu-Crickovu uspořádání, na rozdíl od mA mT se strukturou podle Hoogsteena. Stabilizační energie pro všechny struktury byly stanoveny jako součet limitů kompletní sady bází MP2 energií a korekčního členu. (.DELTA. ECCSDCT) - .DELTA. EMP2) vypočítaného pomocí sady bází cc-pVDZ (0,25, 0,15). Limit kompletní sady bází MP2 energií byl určen dvoubodovou extrapolací za použití aug-cc-pVXZ sad bází pro X=D a T, a T a Q. Tato procedura je nezbytná, protože MP2 interakční energie daných komplexů konverguje dosti pomalu a je proto důležité zahrnout extrapolaci k limitu kompletní sady bází.
Klíčová slova
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
True Stabilization Energies for the Optimal Planar Hydrogen-Bonded and Stacked Structures of GuanineĎCytosine, AdenineĎThymine and Their 9- and 1-Methyl Derivatives: Complete Basis Set Calculations at the MP2 and CCSD(T) Levels and Comparison with Exp...
Popis výsledku v původním jazyce
Planar H-bonded and stacked structures of guanineĎcytosine (GĎC), adenineĎthymine (AĎT), 9-methylguanineĎ1-methylcytosine (mGĎmC) and 9-methyladenineĎ1-methylthymine (mAĎmT) were optimized at the RI-MP2 level using the TZVPP ([5s3p2d1f/3s2p1d]) basis set. Planar H-bonded structures of GĎC, mGĎmC and AĎT correspond to the Watson-Crick (WC) arrangement, in contrast to mAĎmT for which the Hoogsteen (H) structure is found. Stabilization energies for all structures were determined as the sum of the completebasis set limit of MP2 energies and a (.DELTA.ECCSD(T) - .DELTA.EMP2) correction term evaluated with the cc-pVDZ(0.25, 0.15) basis set. The complete basis set limit of MP2 energies was determined by two-point extrapolation using the aug-cc-pVXZ basis sets for X=D and T, and T and Q. This procedure is required since the convergency of the MP2 interaction energy for the present complexes is rather slow and it is thus important to include the extrapolation to the complete basis set limit.
Název v anglickém jazyce
True Stabilization Energies for the Optimal Planar Hydrogen-Bonded and Stacked Structures of GuanineĎCytosine, AdenineĎThymine and Their 9- and 1-Methyl Derivatives: Complete Basis Set Calculations at the MP2 and CCSD(T) Levels and Comparison with Exp...
Popis výsledku anglicky
Planar H-bonded and stacked structures of guanineĎcytosine (GĎC), adenineĎthymine (AĎT), 9-methylguanineĎ1-methylcytosine (mGĎmC) and 9-methyladenineĎ1-methylthymine (mAĎmT) were optimized at the RI-MP2 level using the TZVPP ([5s3p2d1f/3s2p1d]) basis set. Planar H-bonded structures of GĎC, mGĎmC and AĎT correspond to the Watson-Crick (WC) arrangement, in contrast to mAĎmT for which the Hoogsteen (H) structure is found. Stabilization energies for all structures were determined as the sum of the completebasis set limit of MP2 energies and a (.DELTA.ECCSD(T) - .DELTA.EMP2) correction term evaluated with the cc-pVDZ(0.25, 0.15) basis set. The complete basis set limit of MP2 energies was determined by two-point extrapolation using the aug-cc-pVXZ basis sets for X=D and T, and T and Q. This procedure is required since the convergency of the MP2 interaction energy for the present complexes is rather slow and it is thus important to include the extrapolation to the complete basis set limit.
Klasifikace
Druh
Jx - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
LN00A032: Struktura a dynamika komplexních molekulových systémů a biomolekul
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2003
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of the American Chemical Society
ISSN
0002-7863
e-ISSN
—
Svazek periodika
125
Číslo periodika v rámci svazku
50
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
6
Strana od-do
15608-15613
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—
Druh výsledku
Jx - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Rok uplatnění
2003