In vivo detection of RNA-binding protein interactions with cognate RNA sequences by fluorescence resonance energy transfer
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388955%3A_____%2F09%3A00334099" target="_blank" >RIV/61388955:_____/09:00334099 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68378050:_____/09:00334099
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
In vivo detection of RNA-binding protein interactions with cognate RNA sequences by fluorescence resonance energy transfer
Popis výsledku v původním jazyce
Expression of the nascent RNA transcript is regulated by its interaction with a number of proteins. Misregulation of such interactions often results in impaired cellular functions that can lead to cancer and many diseases. Our understanding of RNA?protein interaction within the cellular context is thus essential for development of novel diagnostic and therapeutic tools. While there are many in vitro methods analyzing RNA?protein interactions, in vivo approaches are scarce. Here we established a method based on fluorescence resonance energy transfer (FRET), which we termed RNA-binding mediated FRET (RB-FRET). The methods enables determination of RNA?protein interaction inside cells and was tested on hnRNP H protein binding to its cognate RNA. Using twodifferent approaches, we provided evidence that RB-FRET was sensitive enough to detect specific RNA?protein interactions in cell, providing a powerful tool to study spatial and temporal localization of specific RNA?protein complexes.
Název v anglickém jazyce
In vivo detection of RNA-binding protein interactions with cognate RNA sequences by fluorescence resonance energy transfer
Popis výsledku anglicky
Expression of the nascent RNA transcript is regulated by its interaction with a number of proteins. Misregulation of such interactions often results in impaired cellular functions that can lead to cancer and many diseases. Our understanding of RNA?protein interaction within the cellular context is thus essential for development of novel diagnostic and therapeutic tools. While there are many in vitro methods analyzing RNA?protein interactions, in vivo approaches are scarce. Here we established a method based on fluorescence resonance energy transfer (FRET), which we termed RNA-binding mediated FRET (RB-FRET). The methods enables determination of RNA?protein interaction inside cells and was tested on hnRNP H protein binding to its cognate RNA. Using twodifferent approaches, we provided evidence that RB-FRET was sensitive enough to detect specific RNA?protein interactions in cell, providing a powerful tool to study spatial and temporal localization of specific RNA?protein complexes.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2009
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
R N A
ISSN
1355-8382
e-ISSN
—
Svazek periodika
15
Číslo periodika v rámci svazku
11
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
9
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000270851000014
EID výsledku v databázi Scopus
—