Srovnávací RI-MP2 databáze geometrií a interakčních energií trimerů bází nukleových kyselin. Jak jsou přesně jsou DFT metody schopny reprodukovat získaná data

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F07%3A00086036" target="_blank" >RIV/61388963:_____/07:00086036 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Benchmark RI-MP2 database of nucleic acid base trimers: performance of different density functional models for prediction of structures and binding energies

Popis výsledku v původním jazyce

A new database of nucleic acid base trimers has been developed that includes 141 geometries and tabilization energies obtained at the RI-MP2 level of theory with the TZVPP basis set. Compared to previously compiled biologically oriented databases, this new construct includes onsiderably more complicated structures; the various intermolecular interactions in the trimers are quite heterogeneous and in particular include simultaneous hydrogen bonding and stacking interactions, which is similar to the situation in actual biopolymers Various DFT functional were tested to reproduce the interaction energies nad geometries. The best reproduction of the BSSE corrected RI-MP2 stabilization energies was achieved by the TPSS functional combined with empirical dispersion; removal of the dispersion correction leads to significantly degraded performance.

Název v anglickém jazyce

Benchmark RI-MP2 database of nucleic acid base trimers: performance of different density functional models for prediction of structures and binding energies

Popis výsledku anglicky

A new database of nucleic acid base trimers has been developed that includes 141 geometries and tabilization energies obtained at the RI-MP2 level of theory with the TZVPP basis set. Compared to previously compiled biologically oriented databases, this new construct includes onsiderably more complicated structures; the various intermolecular interactions in the trimers are quite heterogeneous and in particular include simultaneous hydrogen bonding and stacking interactions, which is similar to the situation in actual biopolymers Various DFT functional were tested to reproduce the interaction energies nad geometries. The best reproduction of the BSSE corrected RI-MP2 stabilization energies was achieved by the TPSS functional combined with empirical dispersion; removal of the dispersion correction leads to significantly degraded performance.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2007

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Physical Chemistry Chemical Physics

ISSN

1463-9076

e-ISSN

—

Svazek periodika

9

Číslo periodika v rámci svazku

36

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

5000-5008

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—