Stabilizace struktury protilátky po vazbě epitopu z lidské karbonické anhydrasy IX, studováno pomocí rentgenové krystalografie, mikrokalorimetrie a simulací molekulové dynamiky

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F08%3A00306923" target="_blank" >RIV/61388963:_____/08:00306923 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/68378050:_____/08:00306923 RIV/68378050:_____/08:00341221 RIV/61388963:_____/08:00341221 RIV/00216208:11310/08:10109338

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Stabilization of antibody structure upon association to a human carbonic anhydrase IX epitope studied by X-ray crystallography, microcalorimetry, and molecular dynamics simulations

Popis výsledku v původním jazyce

Specific antibodies interfere with the function of human tumor-associated carbonic anhydrase IX (CA IX) and show potential as tools for anticancer interventions. Correlation between structural elements and thermodynamic parameters of the association of antibody fragment Fab M75 to a peptide corresponding to its epitope in the proteoglycan-like domain of CA IX is presented. Comparisons of the crystal structures of free Fab M75 and its complex with the epitope peptide reveal major readjustments of CDR-H1and CDR-H3. In contrast, the overall conformations and positions of CDR-H2 and CDR-L2 remain unaltered, and their positively charged residues may thus present a fixed frame for epitope recognition. Adoption of the altered CDR-H3 conformation in the structure of the complex is accompanied by an apparent local stabilization. Used methods include: translation-libration-screw analysis, isothermal titration microcalorimetry, X-ray analysis, and molecular dynamics simulations.

Název v anglickém jazyce

Stabilization of antibody structure upon association to a human carbonic anhydrase IX epitope studied by X-ray crystallography, microcalorimetry, and molecular dynamics simulations

Popis výsledku anglicky

Specific antibodies interfere with the function of human tumor-associated carbonic anhydrase IX (CA IX) and show potential as tools for anticancer interventions. Correlation between structural elements and thermodynamic parameters of the association of antibody fragment Fab M75 to a peptide corresponding to its epitope in the proteoglycan-like domain of CA IX is presented. Comparisons of the crystal structures of free Fab M75 and its complex with the epitope peptide reveal major readjustments of CDR-H1and CDR-H3. In contrast, the overall conformations and positions of CDR-H2 and CDR-L2 remain unaltered, and their positively charged residues may thus present a fixed frame for epitope recognition. Adoption of the altered CDR-H3 conformation in the structure of the complex is accompanied by an apparent local stabilization. Used methods include: translation-libration-screw analysis, isothermal titration microcalorimetry, X-ray analysis, and molecular dynamics simulations.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Rok uplatnění

2008

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Proteins-Structure, Function and Bioinformatics

ISSN

0887-3585

e-ISSN

—

Svazek periodika

71

Číslo periodika v rámci svazku

3

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

13

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000255269200020

EID výsledku v databázi Scopus

—