Interpretace krystalové struktury komplexu protein-ligand pomocí výpočtů QM/MM: Studie komplexu HIV-1 proteasy a metalakarboranu
Popis výsledku
Metalakarboranový inhibitor GB-18 v komplexu s HIV-1 proteasou byl studován pomocí výpočetní metody QM/MM. Dvě strukturní vody byly identifikovány jako sodné protiionty. Energetické profily rotace GB-18 v HIV-1 protease ukázaly příznivé a nepříznivé polohy uhlíkových atomů v inhibitoru a daly základ pro další počítání interakčních energií.
Klíčová slova
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Interpretation of protein/ligand crystal structure using QM/MM calculations: Case of HIV-1 protease/metallacarborane complex
Popis výsledku v původním jazyce
Metallacarborane inhibitor GB-18 in complex with its target, HIV-1 protease, was studied using quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) approach. Two structural water molecules in the active site were found to be most probably Na+ counterions. The energy profiles for the rotation of the GB-18 molecules in complex with PR provide energetically favorable and unfavorable positions for carbon atoms within the carborane cages and lay ground for further calculations of interaction energies.
Název v anglickém jazyce
Interpretation of protein/ligand crystal structure using QM/MM calculations: Case of HIV-1 protease/metallacarborane complex
Popis výsledku anglicky
Metallacarborane inhibitor GB-18 in complex with its target, HIV-1 protease, was studied using quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) approach. Two structural water molecules in the active site were found to be most probably Na+ counterions. The energy profiles for the rotation of the GB-18 molecules in complex with PR provide energetically favorable and unfavorable positions for carbon atoms within the carborane cages and lay ground for further calculations of interaction energies.
Klasifikace
Druh
Jx - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2008
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Physical Chemistry B
ISSN
1520-6106
e-ISSN
—
Svazek periodika
112
Číslo periodika v rámci svazku
47
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
9
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000261056400050
EID výsledku v databázi Scopus
—
Základní informace
Druh výsledku
Jx - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Rok uplatnění
2008