On the Role of London Dispersion Forces in Biomolecular Structure Determination
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F11%3A00367999" target="_blank" >RIV/61388963:_____/11:00367999 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp202878d" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/jp202878d</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp202878d" target="_blank" >10.1021/jp202878d</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
On the Role of London Dispersion Forces in Biomolecular Structure Determination
Popis výsledku v původním jazyce
A DNA dodecamer and the methyladenine...methylthymine complex in aqueous environment have been studied by means of molecular dynamics simulation, with a modified force field accounting for the hypothetical absence of London dispersion forces. While the hydrophobic effect of the solvent accounts for the sufficient stabilization of the complex, the appearance of the native biomolecular conformation is attributed to the London dispersion forces. Thus, the London dispersion seems to provide the native structure of a biomolecular complex with the largest additional stabilization, preferring it among several possible aggregated structures. The observations are affected by the construction of the modified force field, and this effect is discussed thoroughly as well as the description of nonbonded interactions with the current biomolecular force fields.
Název v anglickém jazyce
On the Role of London Dispersion Forces in Biomolecular Structure Determination
Popis výsledku anglicky
A DNA dodecamer and the methyladenine...methylthymine complex in aqueous environment have been studied by means of molecular dynamics simulation, with a modified force field accounting for the hypothetical absence of London dispersion forces. While the hydrophobic effect of the solvent accounts for the sufficient stabilization of the complex, the appearance of the native biomolecular conformation is attributed to the London dispersion forces. Thus, the London dispersion seems to provide the native structure of a biomolecular complex with the largest additional stabilization, preferring it among several possible aggregated structures. The observations are affected by the construction of the modified force field, and this effect is discussed thoroughly as well as the description of nonbonded interactions with the current biomolecular force fields.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2011
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Physical Chemistry B
ISSN
1520-6106
e-ISSN
—
Svazek periodika
115
Číslo periodika v rámci svazku
24
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
9
Strana od-do
8038-8046
Kód UT WoS článku
000291709500038
EID výsledku v databázi Scopus
—