Release of Halide Ions from the Buried Active Site of the Haloalkane Dehalogenase LinB Revealed by Stopped-Flow Fluorescence Analysis and Free Energy Calculations
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F13%3A00421950" target="_blank" >RIV/61388963:_____/13:00421950 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/00216224:14310/13:00067017
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp409040u" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/jp409040u</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp409040u" target="_blank" >10.1021/jp409040u</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Release of Halide Ions from the Buried Active Site of the Haloalkane Dehalogenase LinB Revealed by Stopped-Flow Fluorescence Analysis and Free Energy Calculations
Popis výsledku v původním jazyce
Release of halide ions is an essential step of the catalytic cycle of haloalkane dehalogenases. Here we describe experimentally and computationally the process of release of a halide anion from the buried active site of the haloalkane dehalogenase LinB.Using stopped-flow fluorescence analysis and umbrella sampling free energy calculations, we show that the anion binding is ion-specific and follows the ordering I-_(-)> Br- > Cl- .We also address the issue of the protonation state of the catalytic His272residue and its effect on the process of halide release. While deprotonation of His272 increases binding of anions in the access tunnel, we show that the anionic ordering does not change with the switch of the protonation state. We also demonstrate thata sodium cation could relatively easily enter the active site, provided the His272 residue is singly protonated, and replace thus the missing proton. In contrast, Na+ is strongly repelled from the active site containing the doubly proton
Název v anglickém jazyce
Release of Halide Ions from the Buried Active Site of the Haloalkane Dehalogenase LinB Revealed by Stopped-Flow Fluorescence Analysis and Free Energy Calculations
Popis výsledku anglicky
Release of halide ions is an essential step of the catalytic cycle of haloalkane dehalogenases. Here we describe experimentally and computationally the process of release of a halide anion from the buried active site of the haloalkane dehalogenase LinB.Using stopped-flow fluorescence analysis and umbrella sampling free energy calculations, we show that the anion binding is ion-specific and follows the ordering I-_(-)> Br- > Cl- .We also address the issue of the protonation state of the catalytic His272residue and its effect on the process of halide release. While deprotonation of His272 increases binding of anions in the access tunnel, we show that the anionic ordering does not change with the switch of the protonation state. We also demonstrate thata sodium cation could relatively easily enter the active site, provided the His272 residue is singly protonated, and replace thus the missing proton. In contrast, Na+ is strongly repelled from the active site containing the doubly proton
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Physical Chemistry B
ISSN
1520-6106
e-ISSN
—
Svazek periodika
117
Číslo periodika v rámci svazku
46
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
7
Strana od-do
14329-14335
Kód UT WoS článku
000327557700015
EID výsledku v databázi Scopus
—