Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Release of Halide Ions from the Buried Active Site of the Haloalkane Dehalogenase LinB Revealed by Stopped-Flow Fluorescence Analysis and Free Energy Calculations

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F13%3A00421950" target="_blank" >RIV/61388963:_____/13:00421950 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216224:14310/13:00067017

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp409040u" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/jp409040u</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/jp409040u" target="_blank" >10.1021/jp409040u</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Release of Halide Ions from the Buried Active Site of the Haloalkane Dehalogenase LinB Revealed by Stopped-Flow Fluorescence Analysis and Free Energy Calculations

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Release of halide ions is an essential step of the catalytic cycle of haloalkane dehalogenases. Here we describe experimentally and computationally the process of release of a halide anion from the buried active site of the haloalkane dehalogenase LinB.Using stopped-flow fluorescence analysis and umbrella sampling free energy calculations, we show that the anion binding is ion-specific and follows the ordering I-_(-)> Br- > Cl- .We also address the issue of the protonation state of the catalytic His272residue and its effect on the process of halide release. While deprotonation of His272 increases binding of anions in the access tunnel, we show that the anionic ordering does not change with the switch of the protonation state. We also demonstrate thata sodium cation could relatively easily enter the active site, provided the His272 residue is singly protonated, and replace thus the missing proton. In contrast, Na+ is strongly repelled from the active site containing the doubly proton

  • Název v anglickém jazyce

    Release of Halide Ions from the Buried Active Site of the Haloalkane Dehalogenase LinB Revealed by Stopped-Flow Fluorescence Analysis and Free Energy Calculations

  • Popis výsledku anglicky

    Release of halide ions is an essential step of the catalytic cycle of haloalkane dehalogenases. Here we describe experimentally and computationally the process of release of a halide anion from the buried active site of the haloalkane dehalogenase LinB.Using stopped-flow fluorescence analysis and umbrella sampling free energy calculations, we show that the anion binding is ion-specific and follows the ordering I-_(-)> Br- > Cl- .We also address the issue of the protonation state of the catalytic His272residue and its effect on the process of halide release. While deprotonation of His272 increases binding of anions in the access tunnel, we show that the anionic ordering does not change with the switch of the protonation state. We also demonstrate thata sodium cation could relatively easily enter the active site, provided the His272 residue is singly protonated, and replace thus the missing proton. In contrast, Na+ is strongly repelled from the active site containing the doubly proton

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2013

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Journal of Physical Chemistry B

  • ISSN

    1520-6106

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    117

  • Číslo periodika v rámci svazku

    46

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    7

  • Strana od-do

    14329-14335

  • Kód UT WoS článku

    000327557700015

  • EID výsledku v databázi Scopus