Calcium binding to calmodulin by molecular dynamics with effective polarization

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F14%3A00435514" target="_blank" >RIV/61388963:_____/14:00435514 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jz502099g" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/jz502099g</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/jz502099g" target="_blank" >10.1021/jz502099g</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Calcium binding to calmodulin by molecular dynamics with effective polarization

Popis výsledku v původním jazyce

Calcium represents a key biological signaling ion with the EF-hand loops being its most prevalent binding motif in proteins. We show using molecular dynamics simulations with umbrella sampling that including electronic polarization effects via ionic charge rescaling dramatically improves agreements with experiment in terms of the strength of calcium binding and structures of the calmodulin binding sites. The present study thus opens way to accurate calculations of interactions of calcium and other computationally difficult high-charge-density ions in biological contexts.

Název v anglickém jazyce

Calcium binding to calmodulin by molecular dynamics with effective polarization

Popis výsledku anglicky

Calcium represents a key biological signaling ion with the EF-hand loops being its most prevalent binding motif in proteins. We show using molecular dynamics simulations with umbrella sampling that including electronic polarization effects via ionic charge rescaling dramatically improves agreements with experiment in terms of the strength of calcium binding and structures of the calmodulin binding sites. The present study thus opens way to accurate calculations of interactions of calcium and other computationally difficult high-charge-density ions in biological contexts.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2014

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Physical Chemistry Letters

ISSN

1948-7185

e-ISSN

—

Svazek periodika

5

Číslo periodika v rámci svazku

22

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

6

Strana od-do

3964-3969

Kód UT WoS článku

000345542900004

EID výsledku v databázi Scopus

—