Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Understanding CH-Stretching Raman Optical Activity in Ala-Ala Dipeptides

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F20%3A00521859" target="_blank" >RIV/61388963:_____/20:00521859 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/61989592:15310/20:73601074

  • Výsledek na webu

    <a href="https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpca.9b10557" target="_blank" >https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpca.9b10557</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpca.9b10557" target="_blank" >10.1021/acs.jpca.9b10557</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Understanding CH-Stretching Raman Optical Activity in Ala-Ala Dipeptides

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Raman optical activity (ROA) becomes a standard method to monitor peptide conformation. However, the signal in the CH-stretching region is particularly difficult to measure and interpret. In order to understand the structural information contained in this part of the spectrum, data obtained on a custom-made ROA spectrometer have been analyzed for the model Ala-Ala molecule, with the help of molecular dynamics (MD) and density functional theory computations. The Ala-Ala enantiomers provided the „mirror image“ spectra, which proves that the signal can be reliably measured, in spite of a rather low ROA/Raman intensity ratio (∼2 × 10-5). The theoretical modeling indicated that the most intense ROA bands can be attributed to locally asymmetric CH3 and αCH vibrations, whereas symmetric methyl CH-stretching modes contribute less. A simplified model made it possible to estimate the contribution of local chirality of the two alanine residues to the resultant ROA pattern. In spite of a significant frequency shift (over 100 cm-1) because of the anharmonic corrections, the harmonic level was able to explain the main spectral features. The anharmonic corrections were treated by second-order perturbation and limited vibrational configuration interaction procedures. This allowed for assignment of some weaker spectral features because of the combination and overtone vibrations. The results show that the peptide CH-stretching ROA signal contains rich structural information, reflecting also the peptide environment. The experimental data, however, need to be deciphered by relatively complex and time-consuming spectral simulations.

  • Název v anglickém jazyce

    Understanding CH-Stretching Raman Optical Activity in Ala-Ala Dipeptides

  • Popis výsledku anglicky

    Raman optical activity (ROA) becomes a standard method to monitor peptide conformation. However, the signal in the CH-stretching region is particularly difficult to measure and interpret. In order to understand the structural information contained in this part of the spectrum, data obtained on a custom-made ROA spectrometer have been analyzed for the model Ala-Ala molecule, with the help of molecular dynamics (MD) and density functional theory computations. The Ala-Ala enantiomers provided the „mirror image“ spectra, which proves that the signal can be reliably measured, in spite of a rather low ROA/Raman intensity ratio (∼2 × 10-5). The theoretical modeling indicated that the most intense ROA bands can be attributed to locally asymmetric CH3 and αCH vibrations, whereas symmetric methyl CH-stretching modes contribute less. A simplified model made it possible to estimate the contribution of local chirality of the two alanine residues to the resultant ROA pattern. In spite of a significant frequency shift (over 100 cm-1) because of the anharmonic corrections, the harmonic level was able to explain the main spectral features. The anharmonic corrections were treated by second-order perturbation and limited vibrational configuration interaction procedures. This allowed for assignment of some weaker spectral features because of the combination and overtone vibrations. The results show that the peptide CH-stretching ROA signal contains rich structural information, reflecting also the peptide environment. The experimental data, however, need to be deciphered by relatively complex and time-consuming spectral simulations.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10403 - Physical chemistry

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2020

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Journal of Physical Chemistry A

  • ISSN

    1089-5639

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    124

  • Číslo periodika v rámci svazku

    4

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    10

  • Strana od-do

    674-683

  • Kód UT WoS článku

    000510531200009

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85078693085