Benchmarking of Semiempirical Quantum-Mechanical Methods on Systems Relevant to Computer-Aided Drug Design

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F20%3A00523808" target="_blank" >RIV/61388963:_____/20:00523808 - isvavai.cz</a>

Nalezeny alternativní kódy

RIV/00216208:11310/20:10422517

Výsledek na webu

<a href="https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.9b01171" target="_blank" >https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.9b01171</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.9b01171" target="_blank" >10.1021/acs.jcim.9b01171</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Benchmarking of Semiempirical Quantum-Mechanical Methods on Systems Relevant to Computer-Aided Drug Design

Popis výsledku v původním jazyce

The semiempirical quantum mechanical (SQM) methods used in drug design are commonly parametrized and tested on data sets of systems that may not be representative models for drug-biomolecule interactions in terms of both size and chemical composition. This is addressed here with a new benchmark data set, PLF547, derived from protein-ligand complexes, consisting of complexes of ligands with protein fragments (such as amino-acid side chains), with interaction energies based on MP2-F12 and DLPNO-CCSD(T) calculations. From these, composite benchmark interaction energies are also built for complexes of the ligand with the complete active site of the protein (PLA15 data set). These data sets are used to test multiple SQM methods with corrections for noncovalent interactions, the role of the solvation model in the calculations is tested as well.

Název v anglickém jazyce

Benchmarking of Semiempirical Quantum-Mechanical Methods on Systems Relevant to Computer-Aided Drug Design

Popis výsledku anglicky

The semiempirical quantum mechanical (SQM) methods used in drug design are commonly parametrized and tested on data sets of systems that may not be representative models for drug-biomolecule interactions in terms of both size and chemical composition. This is addressed here with a new benchmark data set, PLF547, derived from protein-ligand complexes, consisting of complexes of ligands with protein fragments (such as amino-acid side chains), with interaction energies based on MP2-F12 and DLPNO-CCSD(T) calculations. From these, composite benchmark interaction energies are also built for complexes of the ligand with the complete active site of the protein (PLA15 data set). These data sets are used to test multiple SQM methods with corrections for noncovalent interactions, the role of the solvation model in the calculations is tested as well.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10403 - Physical chemistry

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2020

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Chemical Information and Modeling

ISSN

1549-9596

e-ISSN

—

Svazek periodika

60

Číslo periodika v rámci svazku

3

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

8

Strana od-do

1453-1460

Kód UT WoS článku

000526390800036

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85082148168