Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Structural basis of RNA recognition by the SARS-CoV-2 nucleocapsid phosphoprotein

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F20%3A00536797" target="_blank" >RIV/61388963:_____/20:00536797 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00216208:11310/20:10422209

  • Výsledek na webu

    <a href="https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1009100" target="_blank" >https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1009100</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.ppat.1009100" target="_blank" >10.1371/journal.ppat.1009100</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Structural basis of RNA recognition by the SARS-CoV-2 nucleocapsid phosphoprotein

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the causative agent of the coronavirus disease 2019 (COVID-19). SARS-CoV-2 is a single-stranded positivesense RNA virus. Like other coronaviruses, SARS-CoV-2 has an unusually large genome that encodes four structural proteins and sixteen nonstructural proteins. The structural nucleocapsid phosphoprotein N is essential for linking the viral genome to the viral membrane. Both N-terminal RNA binding (N-NTD) and C-terminal dimerization domains are involved in capturing the RNA genome and, the intrinsically disordered region between these domains anchors the ribonucleoprotein complex to the viral membrane. Here, we characterized the structure of the N-NTD and its interaction with RNA using NMR spectroscopy. We observed a positively charged canyon on the surface of the N-NTD that might serve as a putative RNA binding site similarly to other coronaviruses. The subsequent NMR titrations using single-stranded and double-stranded RNA revealed a much more extensive U-shaped RNA-binding cleft lined with regularly distributed arginines and lysines. The NMR data supported by mutational analysis allowed us to construct hybrid atomic models of the N-NTD/RNA complex that provided detailed insight into RNA recognition.

  • Název v anglickém jazyce

    Structural basis of RNA recognition by the SARS-CoV-2 nucleocapsid phosphoprotein

  • Popis výsledku anglicky

    Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the causative agent of the coronavirus disease 2019 (COVID-19). SARS-CoV-2 is a single-stranded positivesense RNA virus. Like other coronaviruses, SARS-CoV-2 has an unusually large genome that encodes four structural proteins and sixteen nonstructural proteins. The structural nucleocapsid phosphoprotein N is essential for linking the viral genome to the viral membrane. Both N-terminal RNA binding (N-NTD) and C-terminal dimerization domains are involved in capturing the RNA genome and, the intrinsically disordered region between these domains anchors the ribonucleoprotein complex to the viral membrane. Here, we characterized the structure of the N-NTD and its interaction with RNA using NMR spectroscopy. We observed a positively charged canyon on the surface of the N-NTD that might serve as a putative RNA binding site similarly to other coronaviruses. The subsequent NMR titrations using single-stranded and double-stranded RNA revealed a much more extensive U-shaped RNA-binding cleft lined with regularly distributed arginines and lysines. The NMR data supported by mutational analysis allowed us to construct hybrid atomic models of the N-NTD/RNA complex that provided detailed insight into RNA recognition.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10608 - Biochemistry and molecular biology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/EF16_019%2F0000729" target="_blank" >EF16_019/0000729: Chemická biologie pro vývoj nových terapií</a><br>

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2020

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    PLoS Pathogens

  • ISSN

    1553-7366

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    16

  • Číslo periodika v rámci svazku

    12

  • Stát vydavatele periodika

    US - Spojené státy americké

  • Počet stran výsledku

    16

  • Strana od-do

    e1009100

  • Kód UT WoS článku

    000596505200002

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85097516875