Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F22%3A00565346" target="_blank" >RIV/61388963:_____/22:00565346 - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/00159816:_____/22:00077766 RIV/00216224:14310/22:00127528 RIV/00216305:26230/22:PU146769

  • Výsledek na webu

    <a href="https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.031" target="_blank" >https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.031</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.031" target="_blank" >10.1016/j.csbj.2022.11.031</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Protein tunnels are essential in transporting small molecules into the active sites of enzymes. Tunnels' geometrical and physico-chemical properties influence the transport process. The tunnels are attractive hot spots for protein engineering and drug development. However, studying the ligand binding and unbinding using experimental techniques is challenging, while in silico methods come with their limitations, especially in the case of resource-demanding virtual screening pipelines. Caver Web 1.2 is a new version of the web server combining the capabilities for the detection of protein tunnels with the calculation of the ligand trajectories. The new version of the Caver Web server was expanded with the ability to fetch novel ligands from the Integrated Database of Small Molecules and with the fully automated virtual screening pipeline allowing for the fast evaluation of the predefined set of over 4,300 currently approved drugs. The virtual screening pipeline is accompanied by a comprehensive user interface, making it a viable service for the broader spectrum of companies and the academic user community. The web server is freely available for academic use at https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverweb.

  • Název v anglickém jazyce

    Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web

  • Popis výsledku anglicky

    Protein tunnels are essential in transporting small molecules into the active sites of enzymes. Tunnels' geometrical and physico-chemical properties influence the transport process. The tunnels are attractive hot spots for protein engineering and drug development. However, studying the ligand binding and unbinding using experimental techniques is challenging, while in silico methods come with their limitations, especially in the case of resource-demanding virtual screening pipelines. Caver Web 1.2 is a new version of the web server combining the capabilities for the detection of protein tunnels with the calculation of the ligand trajectories. The new version of the Caver Web server was expanded with the ability to fetch novel ligands from the Integrated Database of Small Molecules and with the fully automated virtual screening pipeline allowing for the fast evaluation of the predefined set of over 4,300 currently approved drugs. The virtual screening pipeline is accompanied by a comprehensive user interface, making it a viable service for the broader spectrum of companies and the academic user community. The web server is freely available for academic use at https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverweb.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2022

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Computational and Structural Biotechnology Journal

  • ISSN

    2001-0370

  • e-ISSN

    2001-0370

  • Svazek periodika

    20

  • Číslo periodika v rámci svazku

    January

  • Stát vydavatele periodika

    SE - Švédské království

  • Počet stran výsledku

    7

  • Strana od-do

    6512-6518

  • Kód UT WoS článku

    000913258100011

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85142724459