The IDSM mass spectrometry extension: searching mass spectra using SPARQL

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F24%3A00585417" target="_blank" >RIV/61388963:_____/24:00585417 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae174" target="_blank" >https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae174</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btae174" target="_blank" >10.1093/bioinformatics/btae174</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

The IDSM mass spectrometry extension: searching mass spectra using SPARQL

Popis výsledku v původním jazyce

The Integrated Database of Small Molecules (IDSM) integrates data from small-molecule datasets, making them accessible through the SPARQL query language. Its unique feature is the ability to search for compounds through SPARQL based on their molecular structure. We extended IDSM to enable mass spectra databases to be integrated and searched for based on mass spectrum similarity. As sources of mass spectra, we employed the MassBank of North America database and the In Silico Spectral Database of natural products. Availability and implementation: The extension is an integral part of IDSM, which is available at https://idsm.elixir-czech.cz. The manual and usage examples are available at https://idsm.elixir-czech.cz/docs/ms. The source codes of all IDSM parts are available under open-source licences at https://github.com/idsm-src.

Název v anglickém jazyce

The IDSM mass spectrometry extension: searching mass spectra using SPARQL

Popis výsledku anglicky

The Integrated Database of Small Molecules (IDSM) integrates data from small-molecule datasets, making them accessible through the SPARQL query language. Its unique feature is the ability to search for compounds through SPARQL based on their molecular structure. We extended IDSM to enable mass spectra databases to be integrated and searched for based on mass spectrum similarity. As sources of mass spectra, we employed the MassBank of North America database and the In Silico Spectral Database of natural products. Availability and implementation: The extension is an integral part of IDSM, which is available at https://idsm.elixir-czech.cz. The manual and usage examples are available at https://idsm.elixir-czech.cz/docs/ms. The source codes of all IDSM parts are available under open-source licences at https://github.com/idsm-src.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/LM2023055" target="_blank" >LM2023055: Česká národní infrastruktura pro biologická data</a><br>

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2024

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Bioinformatics

ISSN

1367-4803

e-ISSN

1367-4811

Svazek periodika

40

Číslo periodika v rámci svazku

4

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

4

Strana od-do

btae174

Kód UT WoS článku

001206629000001

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85191104957