Milligram-Scale Enzymatic Synthesis of Base-Modified DNA through Primer Extension: Polymerase Synthesis and NMR Structures of DNA Containing Phenyl-Substituted Nucleobases
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388963%3A_____%2F25%3A00637921" target="_blank" >RIV/61388963:_____/25:00637921 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="https://doi.org/10.1002/ceur.202500186" target="_blank" >https://doi.org/10.1002/ceur.202500186</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1002/ceur.202500186" target="_blank" >10.1002/ceur.202500186</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Milligram-Scale Enzymatic Synthesis of Base-Modified DNA through Primer Extension: Polymerase Synthesis and NMR Structures of DNA Containing Phenyl-Substituted Nucleobases
Popis výsledku v původním jazyce
Milligram (≈200 nmol) scale enzymatic synthesis of base-modified DNA is developed based on primer extension using easily accessible and cheap KOD (exo–) DNA polymerase with optimized protocol and streamlined isolation. The methodology is applied for synthesis of 31-mer and 18-mer DNA containing 5-phenylpyrimidine or 7-phenyl-7-deazapurine nucleobases using the corresponding phenyl-modified dNPhTPs in the PEX reactions. For the 18mers, the isolated yields are 24–61% of modified DNA samples of good purity, whereas for 31mers the samples contain minor amounts or shorter or longer impurities. The obtained amounts of modified DNA samples are sufficient for NMR structural analysis and CD spectroscopy that reveal only minor differences from B-DNA structure of the same non-modified DNA duplexes.
Název v anglickém jazyce
Milligram-Scale Enzymatic Synthesis of Base-Modified DNA through Primer Extension: Polymerase Synthesis and NMR Structures of DNA Containing Phenyl-Substituted Nucleobases
Popis výsledku anglicky
Milligram (≈200 nmol) scale enzymatic synthesis of base-modified DNA is developed based on primer extension using easily accessible and cheap KOD (exo–) DNA polymerase with optimized protocol and streamlined isolation. The methodology is applied for synthesis of 31-mer and 18-mer DNA containing 5-phenylpyrimidine or 7-phenyl-7-deazapurine nucleobases using the corresponding phenyl-modified dNPhTPs in the PEX reactions. For the 18mers, the isolated yields are 24–61% of modified DNA samples of good purity, whereas for 31mers the samples contain minor amounts or shorter or longer impurities. The obtained amounts of modified DNA samples are sufficient for NMR structural analysis and CD spectroscopy that reveal only minor differences from B-DNA structure of the same non-modified DNA duplexes.
Klasifikace
Druh
J<sub>ost</sub> - Ostatní články v recenzovaných periodicích
CEP obor
—
OECD FORD obor
10608 - Biochemistry and molecular biology
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2025
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
ChemistryEurope
ISSN
2751-4765
e-ISSN
—
Svazek periodika
3
Číslo periodika v rámci svazku
6
Stát vydavatele periodika
DE - Spolková republika Německo
Počet stran výsledku
10
Strana od-do
e202500186
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—