Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Beta-tubulin paralogue tubC is frequently misidentified as the benA gene in Aspergillus section Nigri taxonomy: primer specificity testing ad taxonomic consequences

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F12%3A00389635" target="_blank" >RIV/61388971:_____/12:00389635 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.3767/003158512X658123" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.3767/003158512X658123</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.3767/003158512X658123" target="_blank" >10.3767/003158512X658123</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Beta-tubulin paralogue tubC is frequently misidentified as the benA gene in Aspergillus section Nigri taxonomy: primer specificity testing ad taxonomic consequences

  • Popis výsledku v původním jazyce

    beta-tubulin (benA, tub-2) and calmodulin (caM) are crucial genes in the taxonomy of Aspergillus section Nigri. Widely used beta-tubulin primers are not specific for the benA gene for some taxa and preferentially amplify the tubC paralogue. Sequences ofthe tubC paralogue are widely combined with benA sequences in recent taxonomical works as well as other works, resulting in incongruent trees. In this study we newly provide benA sequences for several ex-type strains, which were characterised using the tubC gene only. We designed a highly specific forward primer to benA designated Ben2f for use in Aspergillus section Nigri, and tested specificity of numerous primer combinations to beta-tubulin paralogs. The primer pairs with the highest specificity to the benA gene and functional across species in section Nigri includes Ben2f/Bt2b, Ben2f/T22 and T10/T22. We also provide tools based on codon usage bias analysis that reliably distinguish both paralogues. Exon/intron arrangement is the nex

  • Název v anglickém jazyce

    Beta-tubulin paralogue tubC is frequently misidentified as the benA gene in Aspergillus section Nigri taxonomy: primer specificity testing ad taxonomic consequences

  • Popis výsledku anglicky

    beta-tubulin (benA, tub-2) and calmodulin (caM) are crucial genes in the taxonomy of Aspergillus section Nigri. Widely used beta-tubulin primers are not specific for the benA gene for some taxa and preferentially amplify the tubC paralogue. Sequences ofthe tubC paralogue are widely combined with benA sequences in recent taxonomical works as well as other works, resulting in incongruent trees. In this study we newly provide benA sequences for several ex-type strains, which were characterised using the tubC gene only. We designed a highly specific forward primer to benA designated Ben2f for use in Aspergillus section Nigri, and tested specificity of numerous primer combinations to beta-tubulin paralogs. The primer pairs with the highest specificity to the benA gene and functional across species in section Nigri includes Ben2f/Bt2b, Ben2f/T22 and T10/T22. We also provide tools based on codon usage bias analysis that reliably distinguish both paralogues. Exon/intron arrangement is the nex

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    EE - Mikrobiologie, virologie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2012

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Persoonia

  • ISSN

    0031-5850

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    29

  • Číslo periodika v rámci svazku

    DEC 2012

  • Stát vydavatele periodika

    NL - Nizozemsko

  • Počet stran výsledku

    10

  • Strana od-do

    1-10

  • Kód UT WoS článku

    000313744900001

  • EID výsledku v databázi Scopus