Estimation of diffusivity of phycobilisomes on thylakoid membrane based on spatio-temporal FRAP images
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F13%3A00376216" target="_blank" >RIV/61388971:_____/13:00376216 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/67985807:_____/13:00376216 RIV/60076658:12520/13:43885239 RIV/61388971:_____/13:00425117
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.mcm.2011.12.029" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1016/j.mcm.2011.12.029</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.mcm.2011.12.029" target="_blank" >10.1016/j.mcm.2011.12.029</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Estimation of diffusivity of phycobilisomes on thylakoid membrane based on spatio-temporal FRAP images
Popis výsledku v původním jazyce
The determination of phycobilisome diffusivity (diffusion coefficient D) on thylakoid membrane from fluorescence recovery after photobleaching (FRAP) experiments is usually done by analytical models. However, analytical models need some unrealistic conditions to be supposed. This study describes the development of a method based on finite difference approximation of the process governed by the Fickian diffusion equation and on the minimization of an objective function representing the disparity betweenthe experimental and simulated time-varying concentration profiles. Our method improves on other models by accounting for experimentally measured time-varying Dirichlet boundary conditions, and can include a reaction term as well. As a result we obtain both the overall (time averaged) diffusion coefficient D and the sequence of diffusivities Dj based on two successive fluorescence profiles in j-th time interval. Due to the noisy data, we cope with an inverse ill-posed problem and a regul
Název v anglickém jazyce
Estimation of diffusivity of phycobilisomes on thylakoid membrane based on spatio-temporal FRAP images
Popis výsledku anglicky
The determination of phycobilisome diffusivity (diffusion coefficient D) on thylakoid membrane from fluorescence recovery after photobleaching (FRAP) experiments is usually done by analytical models. However, analytical models need some unrealistic conditions to be supposed. This study describes the development of a method based on finite difference approximation of the process governed by the Fickian diffusion equation and on the minimization of an objective function representing the disparity betweenthe experimental and simulated time-varying concentration profiles. Our method improves on other models by accounting for experimentally measured time-varying Dirichlet boundary conditions, and can include a reaction term as well. As a result we obtain both the overall (time averaged) diffusion coefficient D and the sequence of diffusivities Dj based on two successive fluorescence profiles in j-th time interval. Due to the noisy data, we cope with an inverse ill-posed problem and a regul
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
BA - Obecná matematika
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Mathematical and Computer Modelling
ISSN
0895-7177
e-ISSN
—
Svazek periodika
57
Číslo periodika v rámci svazku
7-8
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
6
Strana od-do
1907-1912
Kód UT WoS článku
000315863300045
EID výsledku v databázi Scopus
—