Long PCR-RFLP of 16S-ITS-23S rRNA genes: a high-resolution molecular tool for bacterial genotyping
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F13%3A00393101" target="_blank" >RIV/61388971:_____/13:00393101 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1111/jam.12057" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1111/jam.12057</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1111/jam.12057" target="_blank" >10.1111/jam.12057</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Long PCR-RFLP of 16S-ITS-23S rRNA genes: a high-resolution molecular tool for bacterial genotyping
Popis výsledku v původním jazyce
Aims To perform a systematic evaluation of the applicability, validity and reliability of the long PCR-RFLP of 16S-ITS-23S rRNA genes for bacterial genotyping using both sequences retrieved from public genome databases and the experimental data obtainedon bacterial cultures. Methods and Results 3301 Full-length sequences of 16S-ITS-23S rRNA genes were retrieved from 885 published bacterial genomes. Copy numbers of the whole set of 16S-ITS-23S rRNA genes per genome ranged from 1 (n = 161) to 14 (n = 4)with an average of 3.71. Their length varied greatly, from 4319 to 6568 bp with an average of 4952 bp. Computer-simulated RFLP analyses of the 16S-ITS-23S fragments flanked by the conserved primers 27F and 2241R suggested MspI, RsaI, HhaI and TaqI as themost appropriate enzymes for long PCR-RFLP analysis of the 16S-ITS-23S sequence
Název v anglickém jazyce
Long PCR-RFLP of 16S-ITS-23S rRNA genes: a high-resolution molecular tool for bacterial genotyping
Popis výsledku anglicky
Aims To perform a systematic evaluation of the applicability, validity and reliability of the long PCR-RFLP of 16S-ITS-23S rRNA genes for bacterial genotyping using both sequences retrieved from public genome databases and the experimental data obtainedon bacterial cultures. Methods and Results 3301 Full-length sequences of 16S-ITS-23S rRNA genes were retrieved from 885 published bacterial genomes. Copy numbers of the whole set of 16S-ITS-23S rRNA genes per genome ranged from 1 (n = 161) to 14 (n = 4)with an average of 3.71. Their length varied greatly, from 4319 to 6568 bp with an average of 4952 bp. Computer-simulated RFLP analyses of the 16S-ITS-23S fragments flanked by the conserved primers 27F and 2241R suggested MspI, RsaI, HhaI and TaqI as themost appropriate enzymes for long PCR-RFLP analysis of the 16S-ITS-23S sequence
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EE - Mikrobiologie, virologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/ED2.1.00%2F03.0110" target="_blank" >ED2.1.00/03.0110: Centrum řasových biotechnologií Třeboň (Algatech)</a><br>
Návaznosti
I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Applied Microbiology
ISSN
1364-5072
e-ISSN
—
Svazek periodika
114
Číslo periodika v rámci svazku
2
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
15
Strana od-do
433-447
Kód UT WoS článku
000313723800015
EID výsledku v databázi Scopus
—