Reparametrizing the Sigmoid Model of Gene Regulation for Bayesian Inference.

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F18%3A00496098" target="_blank" >RIV/61388971:_____/18:00496098 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-99429-1_20" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-99429-1_20</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-99429-1_20" target="_blank" >10.1007/978-3-319-99429-1_20</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Reparametrizing the Sigmoid Model of Gene Regulation for Bayesian Inference.

Popis výsledku v původním jazyce

This poster describes a novel work-in-progress reparametrization of a frequently used non-linear ordinary differential equationn(ODE) model for inferring gene regulations from expression data. We show that in its commonly used form, the model cannot always determine the sign of the regulatory effect as well as other parameters of the model. The proposed reparametrization makes inference over the model stable and amenable to fully Sigmoid Model with state of the art Hamiltonian Monte Carlo methods. Complete source code and a more detailed explanation of the model is available at https://github.com/cas-bioinf/genexpi-stan.n

Název v anglickém jazyce

Reparametrizing the Sigmoid Model of Gene Regulation for Bayesian Inference.

Popis výsledku anglicky

This poster describes a novel work-in-progress reparametrization of a frequently used non-linear ordinary differential equationn(ODE) model for inferring gene regulations from expression data. We show that in its commonly used form, the model cannot always determine the sign of the regulatory effect as well as other parameters of the model. The proposed reparametrization makes inference over the model stable and amenable to fully Sigmoid Model with state of the art Hamiltonian Monte Carlo methods. Complete source code and a more detailed explanation of the model is available at https://github.com/cas-bioinf/genexpi-stan.n

Druh

D - Stať ve sborníku

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

<a href="/cs/project/LM2015055" target="_blank" >LM2015055: Centrum pro systémovou biologii</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název statě ve sborníku

Computational Methods in Systems Biology

ISBN

978-3-319-99428-4

ISSN

—

e-ISSN

—

Počet stran výsledku

4

Strana od-do

309-312

Název nakladatele

Springer

Místo vydání

Chan

Místo konání akce

Brno

Datum konání akce

12. 9. 2018

Typ akce podle státní příslušnosti

WRD - Celosvětová akce

Kód UT WoS článku

000453218400020