Using proteins to study how microbes contribute to soil ecosystem services: The current state and future perspectives of soil metaproteomics

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F19%3A00505489" target="_blank" >RIV/61388971:_____/19:00505489 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1874391918304019?via%3Dihub" target="_blank" >https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1874391918304019?via%3Dihub</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.jprot.2018.11.011" target="_blank" >10.1016/j.jprot.2018.11.011</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Using proteins to study how microbes contribute to soil ecosystem services: The current state and future perspectives of soil metaproteomics

Popis výsledku v původním jazyce

Metaproteomics was established to analyse both the structure and the function of microbial communities and, particularly in soils, their contribution to ecosystem services. In this review, we provide an overview on how the study of the soil metaproteome can provide fundamental information on the role of microbial communities in soil ecosystem services. We further discuss the strengths and weaknesses of soil metaproteomics in comparison to other culture-independent OMIC techniques. We critically review its bottlenecks but also provide strategies to mitigate and possible directions for future research as the direct link of structure and function is advantageous and complementary to metagenomics, metatranscriptomics and metametabolomics.

Název v anglickém jazyce

Using proteins to study how microbes contribute to soil ecosystem services: The current state and future perspectives of soil metaproteomics

Popis výsledku anglicky

Metaproteomics was established to analyse both the structure and the function of microbial communities and, particularly in soils, their contribution to ecosystem services. In this review, we provide an overview on how the study of the soil metaproteome can provide fundamental information on the role of microbial communities in soil ecosystem services. We further discuss the strengths and weaknesses of soil metaproteomics in comparison to other culture-independent OMIC techniques. We critically review its bottlenecks but also provide strategies to mitigate and possible directions for future research as the direct link of structure and function is advantageous and complementary to metagenomics, metatranscriptomics and metametabolomics.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10606 - Microbiology

Projekt

<a href="/cs/project/GA18-25706S" target="_blank" >GA18-25706S: Společenstva bakterií, účastnící se biogeochemických procesů v lesních půdách: od kořenů po opad</a><br>

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Proteomics

ISSN

1874-3919

e-ISSN

—

Svazek periodika

198

Číslo periodika v rámci svazku

APR 30

Stát vydavatele periodika

NL - Nizozemsko

Počet stran výsledku

9

Strana od-do

50-58

Kód UT WoS článku

000463122800008

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85056611567