MatrixMotif

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F19%3A00519622" target="_blank" >RIV/61388971:_____/19:00519622 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://peterslab.org/downloads.php" target="_blank" >https://peterslab.org/downloads.php</a>

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

MatrixMotif

Popis výsledku v původním jazyce

MatrixMotif is novel hybrid algorithm for biomolecular language processing allowing mining of hidden TFBS motifs from enriched NGS datasets. We primarily stacked on Hypergeometric Distribution Model allowing pseudo-random estimation of DNA motif seeds which are subsequently marginalized through eigenvalue of the Markov chain transition matrix. To get rid of local optima in our constraints we were iterating our motifs using property of Maximum Entropy to maximize our expectation. The maximum free motifs are then re-estimated using hidden Markov matrix and the SuperBinder motif is selected according its maximum log-likelihood score.

Název v anglickém jazyce

MatrixMotif

Popis výsledku anglicky

MatrixMotif is novel hybrid algorithm for biomolecular language processing allowing mining of hidden TFBS motifs from enriched NGS datasets. We primarily stacked on Hypergeometric Distribution Model allowing pseudo-random estimation of DNA motif seeds which are subsequently marginalized through eigenvalue of the Markov chain transition matrix. To get rid of local optima in our constraints we were iterating our motifs using property of Maximum Entropy to maximize our expectation. The maximum free motifs are then re-estimated using hidden Markov matrix and the SuperBinder motif is selected according its maximum log-likelihood score.

Druh

R - Software

CEP obor

—

OECD FORD obor

10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology

Projekt

<a href="/cs/project/GA16-24309S" target="_blank" >GA16-24309S: Strukturní analýza interakce transkripčních faktorů s promotorovými sekvencemi</a><br>

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2019

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Interní identifikační kód produktu

MatrixMotif

Technické parametry

Hybridní algoritmus založený na R a SciPy balících

Ekonomické parametry

Software, Freeware

IČO vlastníka výsledku

61388971

Název vlastníka

Mikrobiologický ústav, AV ČR, v. v. i.