rboAnalyzer webserver: web service for non-coding RNA characterization from NCBI BLAST output

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F21%3A00547237" target="_blank" >RIV/61388971:_____/21:00547237 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/37/17/2755/6125384?redirectedFrom=fulltext" target="_blank" >https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/37/17/2755/6125384?redirectedFrom=fulltext</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btab073" target="_blank" >10.1093/bioinformatics/btab073</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

rboAnalyzer webserver: web service for non-coding RNA characterization from NCBI BLAST output

Popis výsledku v původním jazyce

A Summary: We present a web service for improving characterization of non-coding RNAs (ncRNAs) from NCBI BLAST outputs, based on a command-line application rboAnalyzer. Briefly, the application extends subject sequences of selected high scoring pairs (HSPs) in BLAST output to their plausible full length, and predicts their homology and secondary structures. The aim of the application is to aid to characterize subject RNAs in HSPs that come uncharacterized in BLAST output. The main advantages of the web-server are easy use and interactive analysis with search, filtering and data export options.

Název v anglickém jazyce

rboAnalyzer webserver: web service for non-coding RNA characterization from NCBI BLAST output

Popis výsledku anglicky

A Summary: We present a web service for improving characterization of non-coding RNAs (ncRNAs) from NCBI BLAST outputs, based on a command-line application rboAnalyzer. Briefly, the application extends subject sequences of selected high scoring pairs (HSPs) in BLAST output to their plausible full length, and predicts their homology and secondary structures. The aim of the application is to aid to characterize subject RNAs in HSPs that come uncharacterized in BLAST output. The main advantages of the web-server are easy use and interactive analysis with search, filtering and data export options.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2021

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Bioinformatics

ISSN

1367-4803

e-ISSN

1460-2059

Svazek periodika

37

Číslo periodika v rámci svazku

17

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

2

Strana od-do

2755-2756

Kód UT WoS článku

000697377500034

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85116466522