Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Coherent diffractive imaging of proteins and viral capsids: simulating MS SPIDOC

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61388971%3A_____%2F23%3A00574695" target="_blank" >RIV/61388971:_____/23:00574695 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="https://link.springer.com/article/10.1007/s00216-023-04658-y" target="_blank" >https://link.springer.com/article/10.1007/s00216-023-04658-y</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1007/s00216-023-04658-y" target="_blank" >10.1007/s00216-023-04658-y</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Coherent diffractive imaging of proteins and viral capsids: simulating MS SPIDOC

  • Popis výsledku v původním jazyce

    MS SPIDOC is a novel sample delivery system designed for single (isolated) particle imaging at X-ray Free-Electron Lasers that is adaptable towards most large-scale facility beamlines. Biological samples can range from small proteins to MDa particles. Following nano-electrospray ionization, ionic samples can be m/z-filtered and structurally separated before being oriented at the interaction zone. Here, we present the simulation package developed alongside this prototype. The first part describes how the front-to-end ion trajectory simulations have been conducted. Highlighted is a quadrant lens, a simple but efficient device that steers the ion beam within the vicinity of the strong DC orientation field in the interaction zone to ensure spatial overlap with the X-rays. The second part focuses on protein orientation and discusses its potential with respect to diffractive imaging methods. Last, coherent diffractive imaging of prototypical T = 1 and T = 3 norovirus capsids is shown. We use realistic experimental parameters from the SPB/SFX instrument at the European XFEL to demonstrate that low-resolution diffractive imaging data (q < 0.3 nm(-1)) can be collected with only a few X-ray pulses. Such low-resolution data are sufficient to distinguish between both symmetries of the capsids, allowing to probe low abundant species in a beam if MS SPIDOC is used as sample delivery.

  • Název v anglickém jazyce

    Coherent diffractive imaging of proteins and viral capsids: simulating MS SPIDOC

  • Popis výsledku anglicky

    MS SPIDOC is a novel sample delivery system designed for single (isolated) particle imaging at X-ray Free-Electron Lasers that is adaptable towards most large-scale facility beamlines. Biological samples can range from small proteins to MDa particles. Following nano-electrospray ionization, ionic samples can be m/z-filtered and structurally separated before being oriented at the interaction zone. Here, we present the simulation package developed alongside this prototype. The first part describes how the front-to-end ion trajectory simulations have been conducted. Highlighted is a quadrant lens, a simple but efficient device that steers the ion beam within the vicinity of the strong DC orientation field in the interaction zone to ensure spatial overlap with the X-rays. The second part focuses on protein orientation and discusses its potential with respect to diffractive imaging methods. Last, coherent diffractive imaging of prototypical T = 1 and T = 3 norovirus capsids is shown. We use realistic experimental parameters from the SPB/SFX instrument at the European XFEL to demonstrate that low-resolution diffractive imaging data (q < 0.3 nm(-1)) can be collected with only a few X-ray pulses. Such low-resolution data are sufficient to distinguish between both symmetries of the capsids, allowing to probe low abundant species in a beam if MS SPIDOC is used as sample delivery.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10606 - Microbiology

Návaznosti výsledku

  • Projekt

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2023

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Analytical and Bioanalytical Chemistry

  • ISSN

    1618-2642

  • e-ISSN

    1618-2650

  • Svazek periodika

    415

  • Číslo periodika v rámci svazku

    18

  • Stát vydavatele periodika

    DE - Spolková republika Německo

  • Počet stran výsledku

    12

  • Strana od-do

    4209-4220

  • Kód UT WoS článku

    000963181300001

  • EID výsledku v databázi Scopus

    2-s2.0-85151737401