Architektura nekódující chloroplastové oblasti psbA-trnH u krytosemenných rostlin

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F07%3A00099494" target="_blank" >RIV/61389030:_____/07:00099494 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

The architecture of the chloroplast trnH-psbA non-coding region in angiosperms

Popis výsledku v původním jazyce

The psbA-trnH intergenic region is among the most variable regions in the angiosperm chloroplast genome. It is a popular tool for plant population genetics and species level phylogenetics and has been proposed as suitable for DNA barcoding studies. Thisregion contains two parts differing in their evolutionary conservation: 1) the psbA 3?UTR (untranslated region) and 2) the psbA-trnH intergenic non-transcribed spacer. We compared the sequence and RNA secondary structure of the psbA 3' UTR across angiosperms and found consensus motifs corresponding to the stem portions of the RNA stem-loop structures and a consensus TTAGTGTATA box. The psbA-trnH spacer exhibited patterns explicable by the independent evolution of large inversions in the psbA 3?UTR and mutational hot spots in the remaining portion of the psbA-trnH spacer. We conclude that a comparison of chloroplast UTRs across a angiosperms offer clues to the identity of putative regulatory elements and information about selective const

Název v anglickém jazyce

The architecture of the chloroplast trnH-psbA non-coding region in angiosperms

Popis výsledku anglicky

The psbA-trnH intergenic region is among the most variable regions in the angiosperm chloroplast genome. It is a popular tool for plant population genetics and species level phylogenetics and has been proposed as suitable for DNA barcoding studies. Thisregion contains two parts differing in their evolutionary conservation: 1) the psbA 3?UTR (untranslated region) and 2) the psbA-trnH intergenic non-transcribed spacer. We compared the sequence and RNA secondary structure of the psbA 3' UTR across angiosperms and found consensus motifs corresponding to the stem portions of the RNA stem-loop structures and a consensus TTAGTGTATA box. The psbA-trnH spacer exhibited patterns explicable by the independent evolution of large inversions in the psbA 3?UTR and mutational hot spots in the remaining portion of the psbA-trnH spacer. We conclude that a comparison of chloroplast UTRs across a angiosperms offer clues to the identity of putative regulatory elements and information about selective const

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

EB - Genetika a molekulární biologie

OECD FORD obor

—

Projekt

<a href="/cs/project/LC06004" target="_blank" >LC06004: Integrovaný výzkum rostlinného genomu</a><br>

Návaznosti

Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>V - Vyzkumna aktivita podporovana z jinych verejnych zdroju

Rok uplatnění

2007

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Plant Systematics and Evolution

ISSN

0378-2697

e-ISSN

—

Svazek periodika

268

Číslo periodika v rámci svazku

1-4

Stát vydavatele periodika

AT - Rakouská republika

Počet stran výsledku

22

Strana od-do

235-256

Kód UT WoS článku

—

EID výsledku v databázi Scopus

—