Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

New insights into the wheat chromosome 4D structure and virtual gene order, revealed by survey pyrosequencing

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F15%3A00446524" target="_blank" >RIV/61389030:_____/15:00446524 - isvavai.cz</a>

  • Výsledek na webu

    <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.plantsci.2014.12.004" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1016/j.plantsci.2014.12.004</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1016/j.plantsci.2014.12.004" target="_blank" >10.1016/j.plantsci.2014.12.004</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    New insights into the wheat chromosome 4D structure and virtual gene order, revealed by survey pyrosequencing

  • Popis výsledku v původním jazyce

    Survey sequencing of the bread wheat (Triticum aestivum L.) genome (AABBDD) has been approached through different strategies delivering important information. However, the current wheat sequence knowledge is not complete. The aim of our study is to provide different and complementary set of data for chromosome 4D. A survey sequence was obtained by pyrosequencing of flow-sorted 4DS (7.2x) and 4DL (4.1x) arms. Single ends (SE) and long mate pairs (LMP) reads were assembled into contigs (223 Mb) and scaffolds (65 Mb) that were aligned to Aegilops tauschii draft genome (DD), anchoring 34 Mb to chromosome 4. Scaffolds annotation rendered 822 gene models. A virtual gene order comprising 1973 wheat orthologous gene loci and 381 wheat gene models was built. This order was largely consistent with the scaffold order determined based on a published high density map from the Ae. tauschii chromosome 4, using bin-mapped 4D ESTs as a common reference. The virtual order showed a higher collinearity wi

  • Název v anglickém jazyce

    New insights into the wheat chromosome 4D structure and virtual gene order, revealed by survey pyrosequencing

  • Popis výsledku anglicky

    Survey sequencing of the bread wheat (Triticum aestivum L.) genome (AABBDD) has been approached through different strategies delivering important information. However, the current wheat sequence knowledge is not complete. The aim of our study is to provide different and complementary set of data for chromosome 4D. A survey sequence was obtained by pyrosequencing of flow-sorted 4DS (7.2x) and 4DL (4.1x) arms. Single ends (SE) and long mate pairs (LMP) reads were assembled into contigs (223 Mb) and scaffolds (65 Mb) that were aligned to Aegilops tauschii draft genome (DD), anchoring 34 Mb to chromosome 4. Scaffolds annotation rendered 822 gene models. A virtual gene order comprising 1973 wheat orthologous gene loci and 381 wheat gene models was built. This order was largely consistent with the scaffold order determined based on a published high density map from the Ae. tauschii chromosome 4, using bin-mapped 4D ESTs as a common reference. The virtual order showed a higher collinearity wi

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

  • CEP obor

    EB - Genetika a molekulární biologie

  • OECD FORD obor

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

  • Návaznosti

    I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2015

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    Plant Science

  • ISSN

    0168-9452

  • e-ISSN

  • Svazek periodika

    233

  • Číslo periodika v rámci svazku

    APR 2015

  • Stát vydavatele periodika

    IE - Irsko

  • Počet stran výsledku

    13

  • Strana od-do

    200-212

  • Kód UT WoS článku

    000351247300020

  • EID výsledku v databázi Scopus