Discovery of multi-megabase polymorphic inversions by chromosome conformation capture sequencing in large-genome plant species

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F18%3A00498272" target="_blank" >RIV/61389030:_____/18:00498272 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="http://dx.doi.org/10.1111/tpj.14109" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1111/tpj.14109</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1111/tpj.14109" target="_blank" >10.1111/tpj.14109</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Discovery of multi-megabase polymorphic inversions by chromosome conformation capture sequencing in large-genome plant species

Popis výsledku v původním jazyce

Chromosomal inversions occur in natural populations of many species, and may underlie reproductive isolation and local adaptation. Traditional methods of inversion discovery are labor-intensive and lack sensitivity. Here, we report the use of three-dimensional contact probabilities between genomic loci as assayed by chromosome-conformation capture sequencing (Hi-C) to detect multi-megabase polymorphic inversions in four barley genotypes. Inversions are validated by fluorescence in situ hybridization and Bionano optical mapping. We propose Hi-C as a generally applicable method for inversion discovery in natural populations.

Název v anglickém jazyce

Discovery of multi-megabase polymorphic inversions by chromosome conformation capture sequencing in large-genome plant species

Popis výsledku anglicky

Chromosomal inversions occur in natural populations of many species, and may underlie reproductive isolation and local adaptation. Traditional methods of inversion discovery are labor-intensive and lack sensitivity. Here, we report the use of three-dimensional contact probabilities between genomic loci as assayed by chromosome-conformation capture sequencing (Hi-C) to detect multi-megabase polymorphic inversions in four barley genotypes. Inversions are validated by fluorescence in situ hybridization and Bionano optical mapping. We propose Hi-C as a generally applicable method for inversion discovery in natural populations.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)

Projekt

<a href="/cs/project/LO1204" target="_blank" >LO1204: Udržitelný rozvoj výzkumu v Centru regionu Haná</a><br>

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění

2018

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Plant Journal

ISSN

0960-7412

e-ISSN

—

Svazek periodika

96

Číslo periodika v rámci svazku

6

Stát vydavatele periodika

GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

Počet stran výsledku

8

Strana od-do

1309-1316

Kód UT WoS článku

000453529000018

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85056757699