Telomere-to-telomere gapless chromosomes of banana using nanopore sequencing
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F21%3A00551727" target="_blank" >RIV/61389030:_____/21:00551727 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://doi.org/10.1038/s42003-021-02559-3" target="_blank" >http://doi.org/10.1038/s42003-021-02559-3</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1038/s42003-021-02559-3" target="_blank" >10.1038/s42003-021-02559-3</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Telomere-to-telomere gapless chromosomes of banana using nanopore sequencing
Popis výsledku v původním jazyce
Long-read technologies hold the promise to obtain more complete genome assemblies and to make them easier. Coupled with long-range technologies, they can reveal the architecture of complex regions, like centromeres or rDNA clusters. These technologies also make it possible to know the complete organization of chromosomes, which remained complicated before even when using genetic maps. However, generating a gapless and telomere-to-telomere assembly is still not trivial, and requires a combination of several technologies and the choice of suitable software. Here, we report a chromosome-scale assembly of a banana genome (Musa acuminata) generated using Oxford Nanopore long-reads. We generated a genome coverage of 177X from a single PromethION flowcell with near 17X with reads longer than 75 kbp. From the 11 chromosomes, 5 were entirely reconstructed in a single contig from telomere to telomere, revealing for the first time the content of complex regions like centromeres or clusters of paralogous genes.
Název v anglickém jazyce
Telomere-to-telomere gapless chromosomes of banana using nanopore sequencing
Popis výsledku anglicky
Long-read technologies hold the promise to obtain more complete genome assemblies and to make them easier. Coupled with long-range technologies, they can reveal the architecture of complex regions, like centromeres or rDNA clusters. These technologies also make it possible to know the complete organization of chromosomes, which remained complicated before even when using genetic maps. However, generating a gapless and telomere-to-telomere assembly is still not trivial, and requires a combination of several technologies and the choice of suitable software. Here, we report a chromosome-scale assembly of a banana genome (Musa acuminata) generated using Oxford Nanopore long-reads. We generated a genome coverage of 177X from a single PromethION flowcell with near 17X with reads longer than 75 kbp. From the 11 chromosomes, 5 were entirely reconstructed in a single contig from telomere to telomere, revealing for the first time the content of complex regions like centromeres or clusters of paralogous genes.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
10608 - Biochemistry and molecular biology
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/EF16_019%2F0000827" target="_blank" >EF16_019/0000827: Rostliny jako prostředek udržitelného globálního rozvoje</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2021
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Communications Biology
ISSN
2399-3642
e-ISSN
2399-3642
Svazek periodika
4
Číslo periodika v rámci svazku
1
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
12
Strana od-do
1047
Kód UT WoS článku
000693936400006
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85114639047