Methods for assembling complex mitochondrial genomes in land plants

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61389030%3A_____%2F24%3A00600960" target="_blank" >RIV/61389030:_____/24:00600960 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

<a href="https://doi.org/10.1093/jxb/erae034" target="_blank" >https://doi.org/10.1093/jxb/erae034</a>

DOI - Digital Object Identifier

<a href="http://dx.doi.org/10.1093/jxb/erae034" target="_blank" >10.1093/jxb/erae034</a>

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Methods for assembling complex mitochondrial genomes in land plants

Popis výsledku v původním jazyce

The large size and complex structural rearrangements inherent in the mitochondrial genomes of land plants pose challenges for their sequencing. Originally, the assembly of these genomes required the cloning of mitochondrial DNA fragments followed by Sanger sequencing. Subsequently, the advent of next-generation sequencing significantly expedited the process. This review highlights examples of plant mitochondrial genome assembly employing various technologies, including 454 sequencing, Illumina short sequencing reads, and Pacific Biosciences or Oxford Nanopore Technology long sequencing reads. The combination of short and long reads in hybrid assembly has proven to be the most efficient approach for achieving reliable assemblies of land plant mitochondrial genomes.

Název v anglickém jazyce

Methods for assembling complex mitochondrial genomes in land plants

Popis výsledku anglicky

The large size and complex structural rearrangements inherent in the mitochondrial genomes of land plants pose challenges for their sequencing. Originally, the assembly of these genomes required the cloning of mitochondrial DNA fragments followed by Sanger sequencing. Subsequently, the advent of next-generation sequencing significantly expedited the process. This review highlights examples of plant mitochondrial genome assembly employing various technologies, including 454 sequencing, Illumina short sequencing reads, and Pacific Biosciences or Oxford Nanopore Technology long sequencing reads. The combination of short and long reads in hybrid assembly has proven to be the most efficient approach for achieving reliable assemblies of land plant mitochondrial genomes.

Druh

J_imp - Článek v periodiku v databázi Web of Science

CEP obor

—

OECD FORD obor

10611 - Plant sciences, botany

Projekt

<a href="/cs/project/GA19-01639S" target="_blank" >GA19-01639S: Diamanty v prachu. Genetické základy květní indukce u zástupců rodu Chenopodium s kontrastní odpovědí na fotoperiodu.</a><br>

Návaznosti

I - Institucionalni podpora na dlouhodoby koncepcni rozvoj vyzkumne organizace

Rok uplatnění

2024

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Experimental Botany

ISSN

0022-0957

e-ISSN

1460-2431

Svazek periodika

75

Číslo periodika v rámci svazku

17

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

6

Strana od-do

5169-5174

Kód UT WoS článku

001169161400001

EID výsledku v databázi Scopus

2-s2.0-85201574561