Vše

Co hledáte?

Vše
Projekty
Výsledky výzkumu
Subjekty

Rychlé hledání

  • Projekty podpořené TA ČR
  • Významné projekty
  • Projekty s nejvyšší státní podporou
  • Aktuálně běžící projekty

Chytré vyhledávání

  • Takto najdu konkrétní +slovo
  • Takto z výsledků -slovo zcela vynechám
  • “Takto můžu najít celou frázi”

Complex analyses of inverted repeats in mitochondrial genomes revealed their importance and variability

Identifikátory výsledku

  • Kód výsledku v IS VaVaI

    <a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61988987%3A17310%2F18%3AA1901P6O" target="_blank" >RIV/61988987:17310/18:A1901P6O - isvavai.cz</a>

  • Nalezeny alternativní kódy

    RIV/68081707:_____/18:00492380 RIV/62156489:43110/18:43912954

  • Výsledek na webu

    <a href="https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/7/1081/4604597" target="_blank" >https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/7/1081/4604597</a>

  • DOI - Digital Object Identifier

    <a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btx729" target="_blank" >10.1093/bioinformatics/btx729</a>

Alternativní jazyky

  • Jazyk výsledku

    angličtina

  • Název v původním jazyce

    Complex analyses of inverted repeats in mitochondrial genomes revealed their importance and variability

  • Popis výsledku v původním jazyce

    MotivationThe NCBI database contains mitochondrial DNA (mtDNA) genomes from numerous species. We investigated the presence and locations of inverted repeat sequences (IRs) in these mtDNA sequences, which are known to be important for regulating nuclear genomes.ResultsIRs were identified in mtDNA in all species. IR lengths and frequencies correlate with evolutionary age and the greatest variability was detected in subgroups of plants and fungi and the lowest variability in mammals. IR presence is non-random and evolutionary favoured. The frequency of IRs generally decreased with IR length, but not for IRs 24 or 30?bp long, which are 1.5 times more abundant. IRs are enriched in sequences from the replication origin, followed by D-loop, stem-loop and miscellaneous sequences, pointing to the importance of IRs in regulatory regions of mitochondrial DNA.Availability and ImplementationData were produced using Palindrome analyser, freely available on the web at http://bioinformatics.ibp.cz.

  • Název v anglickém jazyce

    Complex analyses of inverted repeats in mitochondrial genomes revealed their importance and variability

  • Popis výsledku anglicky

    MotivationThe NCBI database contains mitochondrial DNA (mtDNA) genomes from numerous species. We investigated the presence and locations of inverted repeat sequences (IRs) in these mtDNA sequences, which are known to be important for regulating nuclear genomes.ResultsIRs were identified in mtDNA in all species. IR lengths and frequencies correlate with evolutionary age and the greatest variability was detected in subgroups of plants and fungi and the lowest variability in mammals. IR presence is non-random and evolutionary favoured. The frequency of IRs generally decreased with IR length, but not for IRs 24 or 30?bp long, which are 1.5 times more abundant. IRs are enriched in sequences from the replication origin, followed by D-loop, stem-loop and miscellaneous sequences, pointing to the importance of IRs in regulatory regions of mitochondrial DNA.Availability and ImplementationData were produced using Palindrome analyser, freely available on the web at http://bioinformatics.ibp.cz.

Klasifikace

  • Druh

    J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science

  • CEP obor

  • OECD FORD obor

    10600 - Biological sciences

Návaznosti výsledku

  • Projekt

    <a href="/cs/project/GA15-21855S" target="_blank" >GA15-21855S: Vliv konformačních motivů a epigenetických modifikací na DNA vazebné vlastnosti proteinů rodiny p53</a><br>

  • Návaznosti

    S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Ostatní

  • Rok uplatnění

    2018

  • Kód důvěrnosti údajů

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Údaje specifické pro druh výsledku

  • Název periodika

    BIOINFORMATICS

  • ISSN

    1367-4803

  • e-ISSN

    1460-2059

  • Svazek periodika

    34

  • Číslo periodika v rámci svazku

    7

  • Stát vydavatele periodika

    GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska

  • Počet stran výsledku

    5

  • Strana od-do

    1081-1085

  • Kód UT WoS článku

    000428840000001

  • EID výsledku v databázi Scopus