SPIM workflow manager for HPC

Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989100%3A27240%2F19%3A10242503" target="_blank" >RIV/61989100:27240/19:10242503 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/61989100:27740/19:10242503
Výsledek na webu
<a href="https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/19/3875/5364267" target="_blank" >https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/19/3875/5364267</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz140" target="_blank" >10.1093/bioinformatics/btz140</a>

Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
SPIM workflow manager for HPC
Popis výsledku v původním jazyce
Here we introduce a Fiji plugin utilizing the HPC-as-a-Service concept, significantly mitigating the challenges life scientists face when delegating complex data-intensive processing workflows to HPC clusters. We demonstrate on a common Selective Plane Illumination Microscopy image processing task that execution of a Fiji workflow on a remote supercomputer leads to improved turnaround time despite the data transfer overhead. The plugin allows the end users to conveniently transfer image data to remote HPC resources, manage pipeline jobs and visualize processed results directly from the Fiji graphical user interface.
Název v anglickém jazyce
SPIM workflow manager for HPC
Popis výsledku anglicky
Here we introduce a Fiji plugin utilizing the HPC-as-a-Service concept, significantly mitigating the challenges life scientists face when delegating complex data-intensive processing workflows to HPC clusters. We demonstrate on a common Selective Plane Illumination Microscopy image processing task that execution of a Fiji workflow on a remote supercomputer leads to improved turnaround time despite the data transfer overhead. The plugin allows the end users to conveniently transfer image data to remote HPC resources, manage pipeline jobs and visualize processed results directly from the Fiji graphical user interface.

Projekt
<a href="/cs/project/EF16_013%2F0001791" target="_blank" >EF16_013/0001791: IT4Innovations národní superpočítačové centrum - cesta k exascale</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)

Rok uplatnění
2019
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika
Bioinformatics
ISSN
1367-4803
e-ISSN
—
Svazek periodika
35
Číslo periodika v rámci svazku
19
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
2
Strana od-do
3875-3876
Kód UT WoS článku
000499322300056
EID výsledku v databázi Scopus
2-s2.0-85068478004

Podobné výsledky(10)