Determining optical mapping errors by simulations
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989100%3A27240%2F21%3A10248027" target="_blank" >RIV/61989100:27240/21:10248027 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/61989592:15110/21:73609650 RIV/00098892:_____/21:N0000071
Výsledek na webu
<a href="https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/37/20/3391/6275255?redirectedFrom=fulltext" target="_blank" >https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/37/20/3391/6275255?redirectedFrom=fulltext</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btab259" target="_blank" >10.1093/bioinformatics/btab259</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Determining optical mapping errors by simulations
Popis výsledku v původním jazyce
Optical mapping is a complementary technology to traditional DNA sequencing technologies, such as next-generation sequencing (NGS). It provides genome-wide, high-resolution restriction maps from single, stained molecules of DNA. It can be used to detect large and small structural variants, copy number variations and complex rearrangements. Optical mapping is affected by different kinds of errors in comparison with traditional DNA sequencing technologies. It is important to understand the source of these errors and how they affect the obtained data. This article proposes a novel approach to modeling errors in the data obtained from the Bionano Genomics Inc. Saphyr system with Direct Label and Stain (DLS) chemistry. Some studies have already addressed this issue for older instruments with nicking enzymes, but we are unaware of a study that addresses this new system.
Název v anglickém jazyce
Determining optical mapping errors by simulations
Popis výsledku anglicky
Optical mapping is a complementary technology to traditional DNA sequencing technologies, such as next-generation sequencing (NGS). It provides genome-wide, high-resolution restriction maps from single, stained molecules of DNA. It can be used to detect large and small structural variants, copy number variations and complex rearrangements. Optical mapping is affected by different kinds of errors in comparison with traditional DNA sequencing technologies. It is important to understand the source of these errors and how they affect the obtained data. This article proposes a novel approach to modeling errors in the data obtained from the Bionano Genomics Inc. Saphyr system with Direct Label and Stain (DLS) chemistry. Some studies have already addressed this issue for older instruments with nicking enzymes, but we are unaware of a study that addresses this new system.
Klasifikace
Druh
J<sub>imp</sub> - Článek v periodiku v databázi Web of Science
CEP obor
—
OECD FORD obor
10200 - Computer and information sciences
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/NU20-06-00269" target="_blank" >NU20-06-00269: Využití buněčných profilů a proteomiky synoviální tekutiny, případně tkání pro podporu klinického rozhodování u osteoartrózy kolena</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2021
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Bioinformatics
ISSN
1367-4803
e-ISSN
—
Svazek periodika
37
Číslo periodika v rámci svazku
20
Stát vydavatele periodika
GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska
Počet stran výsledku
7
Strana od-do
3391-3397
Kód UT WoS článku
000733829400001
EID výsledku v databázi Scopus
—