Konstrukce subgenomické BAC knihovny specifické pro chromosomy hexaploidní pšenice 1D, 4D a 6D
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F04%3A00002407" target="_blank" >RIV/61989592:15310/04:00002407 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/61389030:_____/04:00107470
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Construction of a subgenomic BAC library specific for chromosomes 1D, 4D and 6D of hexaploid wheat
Popis výsledku v původním jazyce
The analysis of the hexaploid wheat genome (Triticum aestivum L., 2n=6x=42) is hampered by its large size (16,974 Mb/1C) and presence of three homoeologous genomes (A, B and D). One of the possible strategies is a targeted approach based on subgenomic libraries of large DNA inserts. In this work, we purified by flow cytometry a total of 10(7) of three wheat D-genome chromosomes: 1D, 4D and 6D. Chromosomal DNA was partially digested with HindIII and used to prepare a specific bacterial artificial chromosome (BAC) library. The library (designated as TA-subD) consists of 87,168 clones, with an average insert size of 85 kb. Among these clones, 53% had inserts larger than 100 kb, only 29% of inserts being shorter than 75 kb. The coverage was estimated to be3.4-fold, giving a 96.5% probability of identifying a clone corresponding to any sequence on the three chromosomes. Specificity for chromosomes 1D, 4D and 6D was confirmed after screening the library pools with single-locus microsatellit
Název v anglickém jazyce
Construction of a subgenomic BAC library specific for chromosomes 1D, 4D and 6D of hexaploid wheat
Popis výsledku anglicky
The analysis of the hexaploid wheat genome (Triticum aestivum L., 2n=6x=42) is hampered by its large size (16,974 Mb/1C) and presence of three homoeologous genomes (A, B and D). One of the possible strategies is a targeted approach based on subgenomic libraries of large DNA inserts. In this work, we purified by flow cytometry a total of 10(7) of three wheat D-genome chromosomes: 1D, 4D and 6D. Chromosomal DNA was partially digested with HindIII and used to prepare a specific bacterial artificial chromosome (BAC) library. The library (designated as TA-subD) consists of 87,168 clones, with an average insert size of 85 kb. Among these clones, 53% had inserts larger than 100 kb, only 29% of inserts being shorter than 75 kb. The coverage was estimated to be3.4-fold, giving a 96.5% probability of identifying a clone corresponding to any sequence on the three chromosomes. Specificity for chromosomes 1D, 4D and 6D was confirmed after screening the library pools with single-locus microsatellit
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2004
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Theorethical and Applied Genetics
ISSN
0040-5752
e-ISSN
—
Svazek periodika
109
Číslo periodika v rámci svazku
7
Stát vydavatele periodika
DE - Spolková republika Německo
Počet stran výsledku
9
Strana od-do
1337-1345
Kód UT WoS článku
—
EID výsledku v databázi Scopus
—