Performance of Molecular Mechanics Force Fields for RNA Simulations. Stability of UUCG and GNRA Hairpins
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F10%3A10215348" target="_blank" >RIV/61989592:15310/10:10215348 - isvavai.cz</a>
Nalezeny alternativní kódy
RIV/68081707:_____/10:00353763 RIV/68081707:_____/10:00373426
Výsledek na webu
—
DOI - Digital Object Identifier
—
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Performance of Molecular Mechanics Force Fields for RNA Simulations. Stability of UUCG and GNRA Hairpins
Popis výsledku v původním jazyce
The RNA hairpin loops represent important RNA topologies with indispensable biological functions in RNA folding and tertiary interactions. Explicit solvent molecular dynamics (MD) simulation is a computational technique which can efficiently complement the experimental data and provide unique structural dynamics information on the atomic scale. Nevertheless, outcome of simulations is often compromised by imperfections in parameterization of simplified pair-wise additive empirical potentials referred also as force fields. We have pointed out in several recent studies that force field description of single stranded hairpin segments of nucleic acids may be particularly challenging for the force fields. In this paper, we report a critical assessment of a broad set of MD simulations of UUCG, GAGA, and GAAA tetraloops using various force fields.
Název v anglickém jazyce
Performance of Molecular Mechanics Force Fields for RNA Simulations. Stability of UUCG and GNRA Hairpins
Popis výsledku anglicky
The RNA hairpin loops represent important RNA topologies with indispensable biological functions in RNA folding and tertiary interactions. Explicit solvent molecular dynamics (MD) simulation is a computational technique which can efficiently complement the experimental data and provide unique structural dynamics information on the atomic scale. Nevertheless, outcome of simulations is often compromised by imperfections in parameterization of simplified pair-wise additive empirical potentials referred also as force fields. We have pointed out in several recent studies that force field description of single stranded hairpin segments of nucleic acids may be particularly challenging for the force fields. In this paper, we report a critical assessment of a broad set of MD simulations of UUCG, GAGA, and GAAA tetraloops using various force fields.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2010
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Chemical Theory and Computation
ISSN
1549-9618
e-ISSN
—
Svazek periodika
6
Číslo periodika v rámci svazku
12
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
14
Strana od-do
—
Kód UT WoS článku
000285217000019
EID výsledku v databázi Scopus
—