Explicit Water Models Affect the Specific Solvation and Dynamics of Unfolded Peptides While the Conformational Behavior and Flexibility of Folded Peptides Remain Intact

Kód výsledku v IS VaVaI

<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F10%3A10215387" target="_blank" >RIV/61989592:15310/10:10215387 - isvavai.cz</a>

Výsledek na webu

—

DOI - Digital Object Identifier

—

Jazyk výsledku

angličtina

Název v původním jazyce

Explicit Water Models Affect the Specific Solvation and Dynamics of Unfolded Peptides While the Conformational Behavior and Flexibility of Folded Peptides Remain Intact

Popis výsledku v původním jazyce

Conventional molecular dynamics simulations on 50 ns to 1 micro-s time scales were used to study the effects of explicit solvent models on the conformational behavior and solvation of two oligopeptide solutes: alpha-helical EK-peptide (14 amino acids) and a beta-hairpin chignolin (10 amino acids). The widely used AMBER force fields (ff99, ff99SB, and ff03) were combined with four of the most commonly used explicit solvent models (TIP3P, TIP4P, TIP5P, and SPC/E). Significant differences in the specific solvation of chignolin among the studied water models were identified.

Název v anglickém jazyce

Explicit Water Models Affect the Specific Solvation and Dynamics of Unfolded Peptides While the Conformational Behavior and Flexibility of Folded Peptides Remain Intact

Popis výsledku anglicky

Conventional molecular dynamics simulations on 50 ns to 1 micro-s time scales were used to study the effects of explicit solvent models on the conformational behavior and solvation of two oligopeptide solutes: alpha-helical EK-peptide (14 amino acids) and a beta-hairpin chignolin (10 amino acids). The widely used AMBER force fields (ff99, ff99SB, and ff03) were combined with four of the most commonly used explicit solvent models (TIP3P, TIP4P, TIP5P, and SPC/E). Significant differences in the specific solvation of chignolin among the studied water models were identified.

Druh

J_x - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)

CEP obor

CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie

OECD FORD obor

—

Projekt

Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.

Návaznosti

P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>Z - Vyzkumny zamer (s odkazem do CEZ)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach

Rok uplatnění

2010

Kód důvěrnosti údajů

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Název periodika

Journal of Chemical Theory and Computation

ISSN

1549-9618

e-ISSN

—

Svazek periodika

6

Číslo periodika v rámci svazku

11

Stát vydavatele periodika

US - Spojené státy americké

Počet stran výsledku

20

Strana od-do

—

Kód UT WoS článku

000283884300026

EID výsledku v databázi Scopus

—