Convergence of Free Energy Profile of Coumarin in Lipid Bilayer
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F12%3A33142336" target="_blank" >RIV/61989592:15310/12:33142336 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct2009208" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1021/ct2009208</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1021/ct2009208" target="_blank" >10.1021/ct2009208</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Convergence of Free Energy Profile of Coumarin in Lipid Bilayer
Popis výsledku v původním jazyce
Atomistic molecular dynamics (MD) simulations of druglike molecules embedded in lipid bilayers are of considerable interest as models for drug penetration and positioning in biological membranes. Here we analyze partitioning of coumarin in dioleoylphosphatidylcholine (DOPC) bilayer, based on both multiple, unbiased 3 mýs MD simulations (total length) and free energy profiles along the bilayer normal calculated by biased MD simulations (7 mýs in total). The convergences in time of free energy profiles calculated by both umbrella sampling and z-constraint techniques are thoroughly analyzed. Two sets of starting structures are also considered, one from unbiased MD simulation and the other from "pulling" coumarin along the bilayer normal. The structures obtained by pulling simulation contain water defects on the lipid bilayer surface, while those acquired from unbiased simulation have no membrane defects. The free energy profiles converge more rapidly when starting frames from unbiased sim
Název v anglickém jazyce
Convergence of Free Energy Profile of Coumarin in Lipid Bilayer
Popis výsledku anglicky
Atomistic molecular dynamics (MD) simulations of druglike molecules embedded in lipid bilayers are of considerable interest as models for drug penetration and positioning in biological membranes. Here we analyze partitioning of coumarin in dioleoylphosphatidylcholine (DOPC) bilayer, based on both multiple, unbiased 3 mýs MD simulations (total length) and free energy profiles along the bilayer normal calculated by biased MD simulations (7 mýs in total). The convergences in time of free energy profiles calculated by both umbrella sampling and z-constraint techniques are thoroughly analyzed. Two sets of starting structures are also considered, one from unbiased MD simulation and the other from "pulling" coumarin along the bilayer normal. The structures obtained by pulling simulation contain water defects on the lipid bilayer surface, while those acquired from unbiased simulation have no membrane defects. The free energy profiles converge more rapidly when starting frames from unbiased sim
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
Výsledek vznikl pri realizaci vícero projektů. Více informací v záložce Projekty.
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)<br>S - Specificky vyzkum na vysokych skolach
Ostatní
Rok uplatnění
2012
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
Journal of Chemical Theory and Computation
ISSN
1549-9618
e-ISSN
—
Svazek periodika
8
Číslo periodika v rámci svazku
4
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
12
Strana od-do
"1200?1211"
Kód UT WoS článku
000302487700005
EID výsledku v databázi Scopus
—