Identification of Methanogenic archaea in the Hyporheic Sediment of Sitka Stream
Identifikátory výsledku
Kód výsledku v IS VaVaI
<a href="https://www.isvavai.cz/riv?ss=detail&h=RIV%2F61989592%3A15310%2F13%3A33145014" target="_blank" >RIV/61989592:15310/13:33145014 - isvavai.cz</a>
Výsledek na webu
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0080804" target="_blank" >http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0080804</a>
DOI - Digital Object Identifier
<a href="http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0080804" target="_blank" >10.1371/journal.pone.0080804</a>
Alternativní jazyky
Jazyk výsledku
angličtina
Název v původním jazyce
Identification of Methanogenic archaea in the Hyporheic Sediment of Sitka Stream
Popis výsledku v původním jazyce
Methanogenic archaea produce methane as a metabolic product under anoxic conditions and they play a crucial role in the global methane cycle. In this study molecular diversity of methanogenic archaea in the hyporheic sediment of the lowland stream Sitka(Olomouc, Czech Republic) was analyzed by PCR amplification, cloning and sequencing analysis of the methyl coenzyme M reductase alpha subunit (mcrA) gene. Sequencing analysis of 60 clones revealed 24 different mcrA phylotypes from hyporheic sedimentary layers to a depth of 50 cm. Phylotypes were affiliated with Methanomicrobiales, Methanosarcinales and Methanobacteriales orders. Only one phylotype remains unclassified. The majority of the phylotypes showed higher affiliation with uncultured methanogensthan with known methanogenic species. The presence of relatively rich assemblage of methanogenic archaea confirmed that methanogens may be an important component of hyporheic microbial communities and may affect CH4 cycling in rivers.
Název v anglickém jazyce
Identification of Methanogenic archaea in the Hyporheic Sediment of Sitka Stream
Popis výsledku anglicky
Methanogenic archaea produce methane as a metabolic product under anoxic conditions and they play a crucial role in the global methane cycle. In this study molecular diversity of methanogenic archaea in the hyporheic sediment of the lowland stream Sitka(Olomouc, Czech Republic) was analyzed by PCR amplification, cloning and sequencing analysis of the methyl coenzyme M reductase alpha subunit (mcrA) gene. Sequencing analysis of 60 clones revealed 24 different mcrA phylotypes from hyporheic sedimentary layers to a depth of 50 cm. Phylotypes were affiliated with Methanomicrobiales, Methanosarcinales and Methanobacteriales orders. Only one phylotype remains unclassified. The majority of the phylotypes showed higher affiliation with uncultured methanogensthan with known methanogenic species. The presence of relatively rich assemblage of methanogenic archaea confirmed that methanogens may be an important component of hyporheic microbial communities and may affect CH4 cycling in rivers.
Klasifikace
Druh
J<sub>x</sub> - Nezařazeno - Článek v odborném periodiku (Jimp, Jsc a Jost)
CEP obor
EB - Genetika a molekulární biologie
OECD FORD obor
—
Návaznosti výsledku
Projekt
<a href="/cs/project/GA526%2F09%2F1639" target="_blank" >GA526/09/1639: Biogeochemie metanu a detekce metanogenních a metanotrofních bakterií v říčních sedimentech</a><br>
Návaznosti
P - Projekt vyzkumu a vyvoje financovany z verejnych zdroju (s odkazem do CEP)
Ostatní
Rok uplatnění
2013
Kód důvěrnosti údajů
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Údaje specifické pro druh výsledku
Název periodika
PLoS One
ISSN
1932-6203
e-ISSN
—
Svazek periodika
8
Číslo periodika v rámci svazku
11
Stát vydavatele periodika
US - Spojené státy americké
Počet stran výsledku
10
Strana od-do
1-10
Kód UT WoS článku
000327313100113
EID výsledku v databázi Scopus
—